Ältester Sohn des Markgrafen Obizzo I. d'Este
 

Bonifacio III. hatte insgesamt fünf Geschwister und folgte 1193 seinem Vater gemeinsam mit seinem Neffen Azzo VI., der älter und sein Vormund war. Er geriet mit seinen Erbforderungen gegen seinen Neffen, da dieser keine Erbteilung wollte. Er schloß sich daher an Ezzelino di Romano und Kaiser OTTO IV. an, stritt mit seinem Großneffen Aldobrandini I. weiter, der ihn einen Anteil des Erbes überließ, um den Rücken freizuhaben. Er trat danach weniger in Erscheinung und wurde von seinem Großneffen Azzo VII. beerbt.