Zur Familie gehörte als Neffe des Königs eigentlich auch Tassilo III., der Erbe des agilolfingischen Herzogtums Bayern. Für ihn führte zunächst seine Mutter, Pippins Schwester Hiltrud, bis zu ihrem Tod (754) die Vormundschaft, die dann auf den König selbst übergegangen zu sein scheint mit der Folge, dass Tassilo ihn beim zweiten Zug gegen die Langobarden 756 nach Italien begleitete. 757 wurde der junge Herzog, 16-jährig, für mündig erklärt und leistete in Compiegne Pippin sowie ausdrücklich auch dessen Söhnen KARL und Karlmann, seinen Vettern also, einen Treueid, der erst später zu einer förmlichen Lehnsbindung umgedeutet worden sein dürfte. Dass die damit übernommene Herrschaft in Bayern aus fränkischer Sicht gewissen Einschränkungen unterlag, geht schon aus der Beteiligung einer Reihe von Großen des Stammes an der Vereidigung hervor, die gewissermaßen für das Wohlverhalten Tassilos bürgen sollten, durch ihre unmittelbare Beziehung zum Franken-König die Autorität des Herzogs im Lande aber auch fühlbar schwächten. Den eingeräumten Spielraum suchte Tassilo anscheinend zu mehren, indem er sich nach einigen Jahren (763) der Heerfolge des Onkels entzog und gemäß den Reichsannalen "nach Bayern ging und das Angesicht des genannten Königs nie wieder sehen wollte"; damals oder wenig später vermählte er sich mit der Tochter des Langobarden-Königs Desiderius, offenbar um eine Allianz der letzten von den KAROLINGERN halbwegs unabhängigen Mächte beiderseits der Alpen zu schmieden.
Die resolute Beseitigung der Autonomie Benevents war zudem geeignet, die Isolation Tassilos weiter zu steigern, der nach der kurzlebigen Aussöhnung mit seinem Vetter KARL (770) und dem Achtungserfolg der Taufe seines Sohnes Theodo durch den Papst (772) bereits den Zusammenbruch des Langobarden-Reiches an seiner Südflanke tatenlos hatte mit ansehen müssen und 781 von Hadrian I. auf Betreiben KARLS zur Bekräftigung seines früheren Treueids gegenüber den KAROLINGERN gemahnt worden war. Sechs Jahre nach diesem Schwur nahm der besorgte Bayern-Herzog nun seinerseits den Rombesuch KARLS zum Anlaß, um die Vermittlung des Papstes anzurufen, doch Hadrian schlug sich diesmal noch deutlicher auf die Seite des Franken-Königs, indem er Tassilo mit dem Anathem drohte, falls er sich nicht den Eiden gemäß verhalte. Das leitete unmittelbar in die offene Konfrontation über, denn als der Herzog bei KARLS Rückkehr einer Vorladung nach Worms nicht folgte, marschierten dessen Heere noch im Spätsommer 787 von drei Seiten gegen Bayern auf und machten jeden Widerstand sinnlos, zumal die KAROLINGER auch dort längst große Teile des Adels und der hohen Geistlichkeit auf ihre Seite gezogen hatten. Tassilo ergab sich auf dem Lechfeld (bei Augsburg), leistete einen klar bezeugten Vasalleneid und nahm seinen Dukat von KARL zu Lehen; überdies stellte er wie Arichis von Benevent 13 Geiseln, darunter seinen Sohn Theodo.
Doch war auch damit das doppelte Drama noch nicht zu Ende. Angeblich von seiner unversöhnlichen langobardischen Gattin Liutbirg aufgestachelt, erging sich Tassilo in despektierlichen Reden gegen KARL und suchte verzweifelt den Rückhalt, den sein beneventanischer Schwager an den Byzantinern hatte, im Bündnis mit seinen östlichen Nachbarn, den heidnischen Awaren im mittleren Donauraum, zu gewinnen, beschleunigte aber wohl nur das Verhängnis, das auf ihm lastete. Es fiel KARL leicht, ihn im Juni 788 nach Ingelheim zu zitieren, dort seinen Anklägern, den (in den Augen der Reichsannalen) "getreuen Bayern", gegenüberzustellen und ihn schließlich durch ein Gericht aus Franken, Bayern, Langobarden und Sachsen zum Tode verurteilen zu lassen, formal nicht wegen seiner jüngsten Eigenmächtigkeiten, sondern mit der offenbar juristisch brauchbaren Begründung, er habe 25 Jahre zuvor gegenüber König Pippin in Aquitanien Fahnenflucht ("harisliz" in der erstmals so bezeichneten theodisca lingua, der gemeinsamen Sprache des fränkischen Heeres) begangen. KARL übernahm die Rolle, für seinen Vetter die gnädige Umwandlung der Strafe in dauernden Klosterhaft zu erbitten, dehnte dies dann aber auf die gesamte Familie, die Herzogin sowie ihre beiden Söhne und beiden Töchter, aus, womit die AGILOLFINGER endgültig der generationenalten Rivalität der ARNULFINGER erlegen waren. Sechs Jahre später mußte der Mönch Tassilo noch einmal vor der Reichsversammlung in Frankfurt in aller Form den Herrschaftsverzicht seines Geschlechts erklären.