Theudebert und Theuderich, die beiden Söhne Childeberts II., standen beim Tod des Vaters im Alter von 10 und 9 Jahren. Theudebert war von dem Metropoliten Magnerich von Trier aus der Taufe gehoben worden. So dürfte schon zu Lebzeiten König Gunthrams Theudebert, den Childebert 589 als Unter-König nach Soissons entsandt hatte, zum Nachfolger im austrasischen Teilreich bestimmt worden sein. Die Großmutter Brunichild scheint jedoch zunächst die Regentschaft für beide unmündige Enkel geführt zu haben. Vordringliche Aufgabe der Regierung war die Abwehr der Awaren, die nach dem Aufstand der Warnen in Thüringen eingefallen waren. Der Feldzug verlief nicht glücklich, und die Regentin mußte den Abzug der Eindringliche erkaufen. Die Autorität Brunichilds war geschwächt, und so wurde wohl im Zusammenhang mit diesem Mißerfolg die vorprogrammierte Reichsteilung vollzogen. Theudebert II. nahm Residenz in der Moselstadt Metz, die bereits unter Childebert als Hauptsitz der austrasischen MEROWINGER an die Stelle von Reims getreten war. Die Großmutter residierte zunächst in Metz, siedelte aber dann zu dem von ihr bevorzugten Enkel Theuderich über.
Die Feindschaft gegenüber der neustrischen Linie stärkte in den ersten Jahren die Solidarität der Höfe von Metz und Chalon. Die neustrischen Franken hatten die mit dem Herrscherwechsel in Austroburgund verbundene erste Verwirrung genutzt, um die einst Chilperich unterstehenden civitates nördlich der Loire, darunter Paris, zu besetzen. Das Blatt wandte sich jedoch nach dem Tod der Königin-Mutter Fredegund im Jahr 597. Die Enkel Brunichilds errangen im Jahr 600 einen entscheidenden Sieg über den nur wenig älteren Chlothar II. bei Dormelles (südlich von Montereau). Das Reich Chlothars wurde nach dieser neustrischen Niederlage reduziert auf einige Gaue um Rouen, Beauvais und Amiens.
Die Könige von Metz und Chalon zogen anschließend zu Feld gegen die Basken, die in die Novempopulana (die künftige Gascogne) eingefallen waren. Sie richteten 602 ein Grenzherzogtum zwischen Garonne und Pyrenäen als Schutzwehr gegen die baskischen Bergstämme ein. Dies war die letzte gemeinsame Aktion.
Die Zuteilung des Saintois, des Elsasses und des Thurgaus an Theuderich II. scheint der Hauptgrund der nun immer deutlicher werdenden Rivalität zwischen den Enkeln Brunichilds gewesen zu sein. In einem 604 neu ausbrechenden Konflikt zwischen Theuderich II. und Chlothar II. blieb Theudebert II. neutral. Ein Krieg zwischen den beiden Brüdern wurde 605 nur mit knapper Not verhindert. Theudebert sah sich nach Verbündeten um. Er nahm Verbindungen zu Chlothar, den Langobarden und den Westgoten auf, die Theuderich 607 durch den Bruch seiner Verlobung mit einer gotischen Prinzessin brüskiert hatten. 610 trafen sich die Brüder zu einer Konferenz in der elsässischen Pfalz Selz. Theudebert war mit einem Heer erschienen und forderte von Theuderich ultimativ die Rückgabe der umstrittenen Gebiete. Der frankoburgundische König sah sich zur Herausgabe gezwungen, wartete aber nur auf eine Gelegenheit, die Sache wiederaufzunehmen. 611 wurde Theudebert in einen neuen Krieg mit den Awaren verwickelt, die angeblich von Brunichild und Theuderich gegen ihn aufgehetzt worden waren. Theuderich versicherte sich der Neutralität Chlothars und ging 612 zur Offensive über. Er schlug die Austrier zuerst bei Toul, dann bei Zülpich. Die Frankoburgunder hielten nach diesen Siegen Einzug in Köln. Theudebert II. und seine Söhne gerieten in Gefangenschaft und wurden getötet.