Sohn des Grafen Wago aus der Sippe der ALAHOLFINGER und einer namentlich unbekannten Tochter des Präfekten Werner I.
 

Mitterauer Michael: Seite 125-132
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"Karolingische Marken im Südosten"

Das Auftreten Werners in der Freisinger Gegend erscheint aus seinen Besitzverhältnissen erklärbar. 857/64 tauscht nämlich ein GrafWerinhar mit Freising Güter in Oberstrogn (BA Erding). Ungefähr zur gleichen Zeit gibt er Liegenschaften zu Großhündbach (BA Erding) gegen einen Hof mit Ackerland und Wiesen in Obermarchenbach (BA Freising). Es liegt nahe, die 3 Nennungen auf dieselbe Person zu beziehen. 832 interveniert Wernerzusammen mit Graf Ernst für Salzburg. 837 ist er 2. Zeuge der Schenkung Präfekt Ratpots in Tulln. 844 erhält auf seine und Graf Babos Bitten der Priester Dominicus Besitz in Oberpannonien. 849 ist er mit vielen anderen bayerischen Großen bei der Schenkung König Ludwigs an Herzog Priwina zugegen. Die Absetzung des ihm übergeordneten Präfekten Ratpot überdauerte er ebenso wie die Enthebung Graf Ernsts, obwohl auch er zu jener führenden Adelsgruppe Bayerns gehört haben dürfte, gegen die König Ludwig in diesen Jahren mit besonderer Schärfe vorging. Prinz Karlmann, der neue Präfekt des Ostlands, scheint ihn zunächst gegen Maßnahmen des Königs geschützt zu haben. Als sich jedoch 864 Vater und Sohn miteinander aussöhnten, kam es zum Sturz des unliebsamen Grenzgrafen. Werner wurde angeklagt, mit dem Mährer-Herzog Rastislaw konspiriert zu haben, und seiner Ämter verlustig erklärt. Er verließ nun Bayern und schloß sich Karlmanns unzufriedenem Bruder Ludwig dem Jüngeren an. 866 wird er mit den KONRADINERN Uto und Berengar als deren Mitverschworener genannt. Sein weiteres Schicksal ist unbekannt.
Seine Tochter, die Gattin des Grafen Engilschalk I., brachte den Namen Werner an die jüngeren WILHELMINER.