Auf dem Totenbett machte König Balduin II. seine Absichten nochmals ganz klar, indem er nicht nur Tochter und Schwiegersohn, sondern auch deren zweijährigen Sohn Balduin III. zu Nachfolgern designierte und damit eine Samtherrschaft dreier Personen begründete, die für Balduin III. freilich vorerst theoretisch blieb.
Da Fulko die Herrschaft nur als Folge seiner Heirat mit Melisendis erlangt hatte und sein ältester Sohn Balduin erst 13 Jahre alt war, trat nach seinem Tode 1143 seine Witwe Melisendis die Regierung an. Erstmals hören wir von keiner Wahl. Die von Balduin II. begründete Samtherrschaft funktionierte, jetzt von Mutter und Sohn. Zwar war die Mutter Regentin für den minderjährigen Sohn, hatte aber daneben ihren eigenen (territorial undefinierten) Anteil am Reich und herrschte deshalb, wie Wilhelm von Tyrus ausdrücklich versichert, nach Erbrecht. Sie wurde deshalb auch nochmals gekrönt, als Balduin III. jetzt abermals die Krone empfing. Auf der Versammlung der Haute Cour vom 24. Juni 1148 in Palmarea bei Akkon wurde der grenzenlos dumme Beschluß zur Eroberung von Damaskus gefaßt. Der König von Jerusalem konnte sich von einer Eroberung von Damaskus eine Prestigeerhöhung versprechen, die ihn endlich von der Regentschaft seiner Mutter befreien würde, die über die Volljährigkeit des Königs hinaus andauerte. Der Eroberungsversuch scheiterte kläglich und 1154 öffnete Damaskus Nur ad-Din die Tore der Stadt. Durch das Eingreifen Balduins III. mußte nach der Schlacht von Inab (29.6.1149) Nurad-Din die Belagerung von Antiochia aufgeben, womit der Bestand des Fürstentums fürs erste gesichert war. Edessa konnte durch die Intervention des Königs freilich nicht gerettet werden. Auch gestatteten die Verhältnisse im Königreich Jerusalem keine längere Abwesenheit des Königs. Die gemeinschaftliche Regierung mit seiner Mutter Melisendis, die bei Eintritt der Volljährigkeit des Königs, sich auf ihren eigenständigen Anteil am Reich stützend, keinerlei Anstalten gemacht hatte, die Regentschaft niederzulegen, behagte dem inzwischen 19-jährigen König ebensowenig wie der Mehrzahl der Barone. Die Auseinandersetzung zwischen dem jungen König und seiner Mutter war viel schwerwiegender als der Bericht bei Wilhelm von Tyrus vermuten läßt. Nur sehr allmählich konnte Balduin III. sich eine Machtbasis in der nördlichen Krondomäne um Tyrus und Akkon aufbauen. Seit 1149 waren die Beziehungen zwischen Mutter und Sohn mehr als frostig. Die Schaffung eines eigenen Haushalts, mehr noch die eigener Vasallen, näherte sich einer Reichsteilung. Als der König im Sommer 1150 wegen der Gefangennahme Joscelins II. von Edessa nach Norden ziehen mußte, war seine Position verzweifelt. Eine Urkunde aus dieser Zeit zeigt ihn im Besitz von Akkon, aber ansonsten verlassen: sein Gefolge bestand aus einer Kapelle, einem vertriebenen Erzbischof und entlassenen Kanzler, einem unbekannten Templer, einem Fürsten von Galilaea, der um sein Fürstentum kämpfte, und einem wenig prominenten Vasallen. Allerdings hatte er noch immer die Unterstützung der nördlichen Herrschaften Beirut und Toron. Diejenigen Vasallen, die sich als solche der Königin-Mutter betrachteten, gingen 1150 so weit, die Heerfolge in den Norden zu verweigern, obwohl der König den ebenso ungewöhnlichen Schritt unternommen hatte, sie einzeln schriftlich aufzubieten. Das Ziel war klar: man wollte den König daran hindern, seine traditionelle Rolle als Protektor der nördlichen Kreuzfahrerstaaten wahrzunehmen, was aber mißlang. Ganz im Gegenteil zeigte sich Balduin in Antiochia als geschickter Diplomat in delikaten Verhandlungen mit Byzanz. Die Zwietracht machte es unmöglich, die dringendste Frage des Nordens zu lösen, die Wiederverheiratung der Fürstin Konstanze von Antiochia. Der König hatte ihr vergeblich drei sehr achtbare Kandidaten vorgeschlagen und berief 1150 eigens die Vasallen von Antiochia, Jerusalem und Tripolis zu einer Versammlung nach Tripolis, um die Frage zu entscheiden. Aber Konstanze widersetzte sich auch dort jeder Ehe.
Im Frühjahr 1152 war die Opposition gegen Melisendis und Manasses von Hierges, einem Neffen Balduins II., stark genug geworden, um Balduin III. entscheidende Schritte zu ermöglichen. Er verlangte vom Patriarchen eine Bestätigungskrönung zu Ostern, aber ohne erneute Krönung seiner Mutter. Dies hätte dem versammelten Volk deutlich gemacht, dass er von nun an Alleinherrscher war. Auch wenn die Staatsräson dies dringend erfordern machte, so hätte eine solche Zeremonie die Rechte der Melindis verletzt, weil sie die Samtherrschaft zerstört hätte. Es war vorauszusehen, dass der Patriarch den Vorschlag ablehnen würde, aber Balduin ließ nur scheinbar von seinem Vorhaben ab, erschien aber urplötzlich am Ostermontag und ohne seine Mutter im Schmuck einer Krone in der Öffentlichkeit. Dies kam einer öffentlichen Kriegserklärung gleich. Auf einer Reichsversammlung konnte als Kompromiß noch eine förmliche Reichsteilung erzielt werden, bei der sich der König allerdings bereits als der Stärkere erwies, da er als erster seinen Teil wählen durfte. Manasses verlor sein wichtige Konstableramt an Humfried II. von Toron, einen Parteigänger des Königs. Die Teilung sprach den politischen Notwendigkeiten Hohn und hatte nur drei Wochen Bestand. Balduin ging zum offenen Krieg über, verjagte Manasses aus seiner Burg Mirabel und zwang ihn ins europäische Exil. Dann vertrieb er seine Mutter aus dem weitgehend unbefestigten Nablus und belagerte sie schließlich in der Zitadelle von Jerusalem, wo sich auch seit kurz vor 1150 auf dem Gelände der heutigen Polizeistation der Königspalast befand. Melisendis mußte die Stadt übergeben und aus der Regierung ausscheiden. Zum standesgemäßen Lebensunterhalt und als Rest ihrer unbestreitbaren Rechte aus der Samtherrschaft, die sie erst mit ihrem Gemahl, dann mit ihrem Sohn innegehabt hatte, verblieb ihr Nablus mit der Krondomäne von Samaria. Der König versprach feierlich, sie in diesem Besitz ungestört zu lassen, und hielt sich an dieses Versprechen bis kurz vor ihrem Tode 1161. Von nun an regierte Balduin in der Politik allein, aber der vorangegangene Bürgerkrieg ließ für die Zukunft nichts Gutes ahnen, und er konnte auf die Autorität der Dynastie den großen Vasallen gegenüber keine günstigen Auswirkungen haben.
Balduin III. war ein hochgewachsener, junger Mann mit blondem Haar und einem stattlichen Vollbart. Die Natur hatte ihn mit einem ungewöhnlich scharfen Verstand und einer bemerkenswerten Redegabe ausgerüstet. Er hatte eine sorgfältige Erziehung genossen, so dass seine guten Manieren, seine Höflichkeit zu jedermann, seine Waffengewandtheit, aber auch seine Rechtskundigkeit, seine Vorliebe für die Lektüre historiographischer Schriften und seine Lust an der Diskussion gerühmt wurden. Seine Frömmigkeit überschritt das Durchschnittsmaß offenbar nicht. Eine Leidenschaft für Würfel- und Glücksspiel und eine gewisse erotische Freizügigkeit vor seiner Vermählung vermochte auch ein so wohlwollender Beobachter wie Wilhelm von Tyrus nicht übersehen.
Wie so oft war ein Zug nach Norden die erste Aufgabe, die Balduin III. nach seiner zweiten "Krönung" angehen mußte. Er und Melisendis hatten dort einen Ehezwist zwischen Raimund II. von Tripolis und dessen Gemahlin Hodierna, einer Schwester der Melisendis, zu  schlichten. Doch noch während der Anwesenheit des Königs wurde der Graf von Assassinen ermordet (1152), und Balduin veranlaßte die Barone, der Gräfin für ihren unmündigen Sohn Raimund III. (1152-1187) zu huldigen. Im Jahr darauf erzielte Balduin III. im Süden einen spektakulären Erfolg. Bereits um 1150 hatte er die von Fulko begonnene Einkreisung Askalons, der "Braut Syriens", vollendet, indem er auf den Ruinen des antiken Ortes Gaza eine Festung erbaute, die nunmehr die Verbindung Askalons mit dem fatimidischen Süden verhinderte. Im Januar 1153 begann der König mit der Unterstützung aller verfügbaren Kräfte eine energische Belagerung Askalons. Rückschläge ließen sich zwar nicht vermeiden, aber nach hartnäckigen Kämpfen kapitulierte die Besatzung am 19. August 1153 gegen freien Abzug innerhalb von drei Tagen. Den Belagerern fiel unermeßliche Beute in die Hände und der König vergabte reichlich Geld- und Landlehen daraus an seine Anhänger. Etwa 1154 gab er dann seinem Bruder Amalrich, der 1152 im Bürgerkrieg bis zum Ende bei Melindis ausgeharrt und deshalb seine Grafschaft Jaffa verloren hatte, nicht nur Jaffa zurück, sondern fügte Stadt und Distrikt von Askalon noch hinzu. Balduin III. hatte sich bei der Ausrüstung seines Heeres so stark verschuldet, dass seine politische Bewegungsfreiheit gehemmt war. Schon 1154 konnte er Damaskus gegen den letzten Angriff Nur ad-Dins keine wirksame Hilfe leisten, wie es der Vertrag von 1139 und das fränkische Interesse erfordert hätten.
Balduin III. war schlecht beraten, als er der Verbindung zwischen Konstanze von Antiochia und Rainald von Chatillon zustimmte, denn Rainald offenbarte sofort brutale Charakterzüge. Während der Krankheit Nur ad-Dins benutzte Rainald von Antiochia die Pause, um mit Unterstützung Balduins III. und des gerade anwesenden Grafen Dietrich von Flandern den Sarazenen die Festung Harim zu entreißen (Februar 1158), die Antiochia am Orontes nach Osten hin abschirmte. Das Verhalten Rainalds (1156 Plünderung der byzantinischen Insel Zypern) veranlaßte den König von Jerusalem ein Jahr später zu einer engeren Anlehnung an Byzanz. Die Verhandlungen führten im September 1158 zu einer glanzvollen Hochzeit Balduins mit Theodora, der blutjungen Nichte des byzantinischen Kaisers, deren reiche Mitgift den König auch fürs erste aus seinen finanziellen Verlegenheiten befreite. Die politischen Abmachungen gingen offenbar dahin, dass Kaiser Manuel sich zum Kampf gegen Nur ad-Din bereit erklärte, wogegen Balduin seine Zustimmung zur Demütigung Rainalds von Antiochia erteilte. Nach der 1161 erfolgten Gefangennahme Rainalds von Antiochia wandten sich die Barone an den König von Jerusalem und Balduin III. setzte gegen die Ansprüche der Fürstin Konstanze den wieder zurückgekehrten Patriarchen Amalrich ein. Das Arrangement gefiel weder Konstanze noch dem byzantinischen Kaiser. Dieser verhandelte damals, nachdem seine erste Gemahlin Bertha von Sulzbach 1159 gestorben war, gerade über eine neue Ehe. Da Balduin den byzantinischen Einfluß in Antiochia nicht noch verstärken wollte, schlug er dem Kaiser Melisendis von Tripolis vor, aber nach einjährigem Zögern entschied sich Manuel für Maria von Antiochia, die Tochter Konstanzes, die sich bei Manuel über die Regelung der antiochischen Frage beschwert hatte. Balduin III., für den das Bündnis mit Byzanz jetzt so lebenswichtig war wie früher die Allianz mit Damaskus, konnte diesem Wunsch nichts entgegensetzen, obwohl er daraus weitere byzantinischen Ansprüche auf Antiochia befürchten mußte.
Balduin war 1162 während eines Aufenthalts in Tripolis erkrankt. Als sich keine Besserung einstellte, ließ er sich nach Beirut transportieren, um in seinem eigenen Reich zu sterben. Der Tod ereilte ihn am 10. Februar 1163. Nach einem achttägigen Trauerzug von Beirut nach Jerusalem, bei dem selbst die nichtchristliche Bevölkerung den toten König beweint haben soll, wurde er neben seinen Vorfahren in der Grabeskirche beigesetzt. Mit unbestreitbarem diplomatischen Geschick hatte er sein Reich 20 Jahre lang zwischen der türkischen Bedrohung und der bisweilen drückenden Übermacht des byzantinischen Verbündeten durchlaviert. Im September 1162 war ihm seine Mutter Melisendis nach langer Krankheit im Tode vorausgegangen. Da Balduin ohne Kinder gestorben war, folgte ihm sein sechs Jahre jüngerer Bruder Amalrich im Alter von 27 Jahren.