Bald nach der Geburt des Ptolemaios Memphites soll Ptolemaios VIII. Euergetes II. mit Kleopatra III., der jüngeren Tochter seiner Schwestergemahlin und seiner eigenen Nichte und Stieftochter, eine intime Beziehung begonnen haben. 141/40 v.u.Z. heiratete er Kleopatra III. zusätzlich in aller Form und erhob sie zur ebenbürtigen Königin neben Kleopatra II. Der König hatte mit dieser Tat seine Schwester zutiefst verletzt und zugleich Mutter und Tochter zu erbitterten Rivalinnen gemacht. Der durch die Vorgehensweise des Königs heraufbeschworene Haß der beiden Frauen aufeinander sowie die wiederaufgebrochene Gegnerschaft zwischen Ptolemaios VIII. und Kleopatra II. sollten für Dynastie und Reich die schlimmsten Folgen haben.
Während des Bürgerkrieges mit seiner Schwester floh Ptolemaios VIII. (Herbst 131 v.u.Z.) mit seiner zweiten Gattin Kleopatra III. nach Zypern, um mit den ihm ergebenen Söldnern nach Ägypten zurückzukehren. Bald danach wird er mit Heeresmacht nach Ägypten zurückgekehrt sein, denn im Frühling 130 v.u.Z. wurde bereits in Memphis nach ihm und Kleopatra III. datiert. In diesem Sinne gehört er auch zur politischen Geschichte, dass nun gleichzeitig ein neuer eponymer Priester mit der Bezeichnung "Hieropolos" für die als "Isis, die Große, die Mutter der Götter" vergöttlichte Kleopatra III. geschaffen wurde. Damit wurde Kleopatra III. über die auf der Gegenseite stehende Thea Philometor Soteira hinausgehoben.
Durch die Ermordung des Memphites war der spätere Ptolemaios IX. Soter II. zum Kronprinzen aufgerückt; die antike Überlieferung ist sich darüber einig, dass er der ältere Sohn von Kleopatra III. war. Ptolemaios IX. wird demnach 140/39 v.u.Z. zur Welt gekommen sein. Nicht lange vor dem Tode seines Vaters erhielt er auf Betreiben von Kleopatra III. die Funktion eines Generalgouverneurs von Zypern. Kleopatra III., die ihn nicht mochte, ließ ihn offenbar dorthin abschieben, um seinem jüngeren Bruder, dem späteren Ptolemaios X. Alexander I. die Thronfolge zu erleichtern. Abgesehen von diesen beiden Söhnen hatten Ptolemaios VIII. und Kleopatra III. noch drei Töchter.
   Die älteste war vermutlich Tryphaina, die 124/23 v.u.Z. Antiochos VIII. Grypos geheiratet hatte;
   obgleich der "Kleopatra"-Name für sie nicht überliefert ist, hat sie als "Kleopatra Tryphaina" in
   die moderne Literatur Eingang gefunden.
   Die zweite Tochter, Kleopatra IV., wurde noch sehr jung mit ihrem Bruder Ptolemaios IX.
   verheiratet.
   Die jüngste Tochter erhielt den Namen Selene.
Die außergewöhnliche Nachfolgeregelung, die Ptolemaios VIII. († 28. Juni 116 v.u.Z.) in seinem Testament getroffen hatte, zeigt, dass er der schwierigen familiären Situation nicht mehr gewachsen war. Sicher unter dem Einfluß von Kleopatra III. hatte er das Königreich Ägypten ihr selbst "und demjenigen von den Söhnen, den sie für die Herrschaft auswählen würde", hinterlassen. Die Kyrenaika hatte er als selbständiges Königreich für Ptolemaios Apion vorgesehen. Was für Zypern bestimmt war, bleibt offen; entweder sollte die Insel weiterhin von Alexandria aus regiert werden oder einen weitgehend unabhängigen Herrschaftsbereich des nicht in Alexandria regierenden Sohnes darstellen. Tatsache ist, dass Ptolemaios VIII. Euergetes II. die übliche Nachfolgeregelung, die auf den ältesten Sohn abzielen würde, außer acht ließ und die gesamte Macht seiner jüngeren Frau übertrug.
Kleopatra III. wollte ihren jüngeren Sohn Ptolemaios X. Alexander I. zum Mitregenten nehmen, jedoch konnte ihre Mutter und Rivalin Kleopatra II. dies vereiteln: Heer und Volk erhoben in Alexandria den älteren PTOLEMÄER zum König, so dass Kleopatra III. nun gezwungen war, ihn als Ko-Pharao zu akzeptieren. Gleichzeitig setzte Kleopatra II. ihre eigene Teilnahme an der Regierung durch. Diese Dreierherrschaft ist durch eine demotische Urkunde vom 29. Oktober 116 v.u.Z. bezeugt; voran stehen die beiden Pharaoninnen mit Namen Kleopatra, als dritter erscheint der Pharao Ptolemaios mit dem Kultnamen Philometor Soter. Noch vor Ende 116 v.u.Z. wird Kleopatra II. gestorben sein. Von da an regierte nach Ausweis der Urkunden Kleopatra III. mit Ptolemaios IX. (116 v.u.Z.-107 v.u.Z.). Sie zählten ihre Regierungsjahre vom Tode Ptolemaios' VIII. an und propagierten mit ihren Kultnamen ein Bild von dynastischer Solidarität: Sie war Philometor Soteira, er weiterhin Philometor Soter, zusammen traten sie als Theoi Philometores Soteres auf; gelegentlich erschien die regierende Kleopatra wie zur Zeit des achten PTOLEMÄERS auch als Thea Euergetis. Der von der Mutter abhängige König erhielt bald die Spitznamen Lathyros ("Kichererbse") und Physkon ("Fettwanst"); mit diesem letzteren war bereits sein Vater Euergetes II. bedacht worden.
In Alexandria sollten die dynastischen Machtkämpfe bald wieder ausbrechen. Kleopatra III. gelang es, das alexandrinische Volk gegen den König aufzuhetzen. Sie verbreitete das Gerücht, dass Ptolemaios IX. Soter II. einen Anschlag auf sie inszeniert hätte. Im Herbst 107 v.u.Z. mußte er aus Alexandria fliehen; seine Schwestergemahlin Selene und die beiden Söhne, die sie ihm geboren hatte, mußten zurückbleiben. Während dieser Vorgänge verließ Ptolemaios X. Alexander I., der seit 114/13 v.u.Z. auf Zypern als König regierte, die Insel und begab sich an die ägyptische Grenze. Von Pelusion holte Kleopatra III. ihren jüngeren Sohn nach Alexandria und erhob ihn in der Nachfolge Ptolemaios' IX. zu ihrem Mitregenten auf den Thron des PTOLEMÄER-Reiches.
Es war in der Tat ein revolutionärer Schritt, dass die Frau an der Spitze des Staates den einen Sohn vertrieb und sich dafür den anderen in die Funktion eines marionettenhaften Mitregenten holte. Kleopatra III. ordnete nun eine offizielle Doppelzählung der Regierungsjahre an, indem ihr elften Jahr mit dem achten Alexanders gleichgesetzt wurde. Die Periode begann Anfang November 107 v.u.Z. und endete mit dem Tod der Königin gegen Anfang September 101 v.u.Z. Die Vorrangstellung der Königin-Mutter wird durch die auf sie zu beziehende, vorangestellte höhere Regierungszahl unterstrichen. Zunächst übernahm Ptolemaios X. das Amt des Alexanderpriesters von seinem vertriebenen, älteren Bruder (107 v.u.Z.-105 v.u.Z.) Danach kam es zu einem ungeheuerlichen Akt von seiten der herrschsüchtigen Kleopatra III.: Sie übernahm für 105/04 v.u.Z. selbst als Frau dieses höchste hellenistische, männliche Priesteramt und verstieß damit gegen den innersten Bereich der staatlichen, ptolemäischen Tradition.
Kleopatra III., die sich auch im eigenen Bereich auf die jüdischen Feldherrn Chelkias und Ananias, die Söhne Onias' IV. stützte, hatte schon vorher mit dem Juden-König Alexander Iannaios geheim verhandelt. Das Vorrücken Ptolemaios IX. Soters II. gegen Ägypten veranlaßte die Königin zum Eingreifen. Vorher brachte sie angesichts der gefährlichen innenpolitischen Lage ihre drei Enkel (die späteren Könige Ptolemaios XI., XII. und Ptolemaios von Zypern) samt einem großen Teil ihres Schatzes im Asklepieion auf der Insel Kos in Sicherheit. Kleopatra III. schickte nun ihren Sohn Alexander mit einer Flotte nach Phönikien (Spätsommer 103 v.u.Z.); dieser marschierte von dort sogar nach Damaskus. Sie selbst kam mit ihrer ganzen Heeresmacht über Land nach Ptolemais, wurde ebenfalls nicht eingelassen und belagerte die Stadt (etwa September 103 v.u.Z.). Die Stadt Ptolemais mußte sich offensichtlich am Beginn des Jahres 102 v.u.Z. den Truppen der Kleopatra III. ergeben. Der König der Juden Alexander Iannaios begab sich nun zu Kleopatra nach Ptolemais, um ihr zu huldigen. Mit diesem schloß sie einen Vertrag. Daraufhin kehrte die Königin nach Ägypten zurück, obgleich sie ihre Truppen noch bis Ende September 102 v.u.Z. in Ptolemais beließ, vermutlich um Soter II. von weiteren Unternehmungen in Syrien abzuschrecken. Kleopatra III. hatte bereits vor Ausbruch des Krieges von 103 v.u.Z. für Antiochos VIII. Partei ergriffen, ihm materielle Hilfe und ihre Tochter Selene als Frau geschickt; diese hatte Soter II. bei seiner Flucht aus Alexandria zurücklassen müssen.
Noch vor Ende des 2. Jahrhunderts v.u.Z. kam es zu Konflikten zwischen Ptolemaios X. und Kleopatra III. Entweder vor oder nach dem Syrienkrieg flüchtete der König vor seiner Mutter, ließ sich aber bald zur Rückkehr bewegen. Im Spätsommer 101 v.u.Z. brachte er sie um. Mit Kleopatra III. fand eine der herrschsüchtigsten PTOLEMÄERINNEN ihr Ende, die ihrer Mutter Kleopatra II. um nichts nachstand.