Die Geburtsjahre der beiden jüngeren Geschwister, des späteren Ptolemaios' VIII. Euergetes II. sowie von Kleopatra II., sind unklar.
Die beiden Regenten Lenaios und Eulaios versuchten alsbald durch Hebung der Autorität des von ihnen betreuten Königskindes ihre eigene, staatsrechtlich wenig abgesicherte Position aufzuwerten. Sie verliehen dem König  das Gottesappellativ, während die Prinzessin Kleopatra II. als Königin auftrat. Bald danach (noch vor dem 15. April 175 v.u.Z.) wurde die Hochzeit dieser beiden unmündigen Geschwister gefeiert.
Ohne die militärischen Notwendigkeiten getroffen zu haben, spielten die Regenten auf einer Massenversammlung die Gewinnung von Koilesyrien, vielleicht sogar des ganzen SELEUKIDEN-Reiches vor. Zur propagandistischen Unterstützung proklamierten sie zwischen 5. Oktober und 12. November 170 v.u.Z. eine gemeinsame Regierung der drei ptolemäischen Geschwister, nämlich des Ptolemaios' VI. Philometor, seiner Schwestergemahlin Kleopatra II. und des jüngeren Bruders, Ptolemaios' VIII. Nach dem Einmarsch von Antiochos IV. in Ägypten riefen die Alexandriner den jüngeren Bruder erneut zum König aus, womit sie die Dreierherrschaft auflösten und eine Gegenregierung bildeten; die nominelle Stellung der 11- bis 12-jährigen Kleopatra II. als "Königin" blieb während dieser Vorgänge unangetastet. Nicht lange danach versöhnten sich die drei ptolemäischen Geschwister und die Samtherrschaft wurde wieder hergestellt.
Das PTOLEMÄER-Reich wurde nach dem von C. Popilius Laenas erzwungenen Abzug von Antiochos IV. (Ende Juli 168 v.u.Z.) für einige Jahre (bis Herbst 164 v.u.Z.) von der Gemeinschaftsregierung der drei ptolemäischen Geschwister Ptolemaios VI., Kleopatra II. und Ptolemaios VIII. repräsentiert. Im Jahre 164 v.u.Z. wurde Ptolemaios VI. von seinem Bruder nach Zypern vertrieben und vielleicht hatte sich Kleopatra II. bei der Vertreibung ihres Brudergemahls dorthin begeben, da Ptolemaios VIII. 164/63 v.u.Z. in Alexandria ohne seine Schwester regierte. Da sich Ptolemaios VIII. mit seiner tyrannischen Herrschaft rasch unbeliebt machte, wurde Ptolemaios VI. von Alexandrinern zurückgerufen (zwischen Mitte Juli und 13. August 163 v.u.Z.).
Im Sommer 163 v.u.Z. begann somit die selbständige Regierung des nunmehr etwa 23-jährigen Ptolemaios VI. Philometor zusammen mit seiner Schwestergemahlin Kleopatra II.; diese Periode währte bis zum Tode Ptolemaios Philometors († 145 v.u.Z.). Abgesehen von der vorausgehenden, außergewöhnlichen Dreierherrschaft finden wir ab nun zum ersten Mal eine offizielle Gemeinschaftsregierung des Königspaares.
Nach dem Tode des Ptolemaios VI. Philometor (Mitte Juli 145 v.u.Z.) mußte es sehr rasch klargeworden sein, dass es keine sinnvolle Alternative zu Ptolemaios VIII. Euergetes II. gab. Er wurde von Gesandten aus Kyrene geholt und war nach einem Interregnum von etwa drei Wochen in Alexandria an der Macht. Etwas später heiratete er die Witwe seines Bruders Kleopatra II. Im Zuge des Regierungswechsels hatte es jedoch Spannungen gegeben, denn es wird berichtet, dass Ptolemaios VIII. seine Herrschaft mit Brutalität und Ungerechtigkeit begonnen habe: Zuerst ließ er die Anhänger des noch sehr jungen Sohnes des Ptolemaios VI. umbringen; dieser selbst soll mitten in Hochzeitsfeierlichkeiten mit Kleopatra II. in den Armen seiner Mutter getötet worden sein. Mit Kleopatra II. war ein Konsens gefunden worden, denn sie konnte ihre Stellung als offizielle Mitherrscherin, die sie unter Ptolemaios VI. Philometor innehatte, in die neue Regierung hinüberretten. In den Datierungsformeln der Urkunden sind wieder "die Pharaonen Ptolemaios und Kleopatra" angeführt. Im Jahre 144 v.u.Z. kam ein Sohn des Königspaares etwa zur Zeit des Krönungsfestes in Memphis zur Welt; deshalb wird er in der literarischen Überlieferung als "Memphites" bezeichnet. Bald nach der Geburt des Ptolemaios Memphites soll Ptolemaios VIII. Euergetes II. mit Kleopatra III., der jüngeren Tochter seiner Schwestergemahlin und seiner eigenen Nichte und Stieftochter eine intime Beziehung begonnen haben. 141/40 v.u.Z heiratete er Kleopatra III. zusätzlich in aller Form und erhob sie zur Ebenbürtigen Königin neben Kleopatra II. Wir sehen, dass der bei Regierungsantritt Ptolemaios' VIII. gefundene Konsens nur oberflächlicher Natur war. Der König hatte mit dieser Tat seine Schwester zutiefst verletzt und Mutter und Tochter zu erbitterten Rivalinnen gemacht. Eine derartige Doppelehe stand in der hellenistischen Welt ohne Beispiel da. Die beiden Frauen wurden staatsrechtlich auf dieselbe Stufe gestellt; sie wurden in den offiziellen Dokumenten neben ihrem Gemahl als "Königin" angeführt, jedoch Kleopatra II. als "die Schwester" von Kleopatra III. als "die Ehefrau" unterschieden. Der durch diese Vorgangsweise des Königs heraufbeschworene Haß der beiden Frauen aufeinander sowie die wiederaufgebrochene Gegnerschaft zwischen Ptolemaios VIII. und Kleopatra II. sollten für Dynastie und reich die schlimmsten Folgen haben.
Der Konflikt im Herrschertrio schwelte sicher die dreißiger Jahre hindurch weiter, obwohl alle drei in den Datierungs- und Weiheformeln immer wieder vereint begegnen. Bald nach dem Beginn des 39. Regierungsjahres (vor dem 11. November 132 v.u.Z.) brach jedoch der Bürgerkrieg zwischen den Anhängern Ptolemaios' VIII. und der Partei um Kleopatra II. aus. Ptolemaios VIII. Euergtes konnte offenbar ein Jahr lang in Alexandria die Oberhand behalten. Dann konnte Euergetes nicht mehr an Widerstand denken; heimlich floh er mit seiner zweiten Gattin Kleopatra nach Zypern, um mit den ihm ergebenen Truppen die Rückeroberung Ägyptens zu versuchen. Daraufhin wurde in Alexandria Kleopatra II. zur alleinigen Königin ausgerufen und dem Ptolemaios VIII. Euergetes die Königswürde aberkannt. Um den Bruch mit der Vergangenheit möglichst deutlich zu machen, begann Kleopatra II. eine neue Ära, indem sie das Jahr 132/31 v.u.Z. als "Jahr 1" zählte. Eine Zählung nach Regierungsjahren alleine nach einer Frau stellte für die PTOLEMÄER-Zeit ein äußerst gewagtes Novum dar. Als alleinige PTOLEMÄER-Königin nahm sie nun einen Kultnamen an, mit dem sie an alte Zeiten anknüpfte: Thea Philometor Soteira.
Ptolemaios VIII. Euergetes II. rächte sich in seinem zyprischen Exil für diese Vorgehensweise auf das furchtbarste: den etwa 14-jährigen Ptolemaios Memphites, der ihm, seinem Vater, offenbar völlig vertraut hatte, ließ er vor seinen Augen umbringen und ihm Kopf, Beine und Hände abhauen. Die Überreste seines Sohnes schickte er nach Alexandria und ließ sie Kleopatra II. in der Nacht vor der Feier ihres Geburtstages zustellen. Sie aber stellte nun die Körperteile des ermordeten Kronprinzen in Alexandria aus, um die Wut der Massen zu steigern.
Kleopatra II. stützte sich vor allem auf die Griechen und Juden der Hauptstadt und hatte auch Anhänger unter der griechischen Bevölkerung und den Juden in der Chora. Es gelang ihr aber nie, ganz Ägypten in ihre Hand zu bekommen, da vor allem einheimische Ägypter auf Euergetes' Seite verblieben waren.
Spätestens im Herbst 131 v.u.Z. hatte sich Ptolemaios VIII. Euergetes II. nach Zypern begeben. Bald danach wird er mit Heeresmacht nach Ägypten zurückgekehrt sein, denn im Frühling 130 v.u.Z. wurde bereits in Memphis nach ihm und Kleopatra III. datiert. Bis mindestens 127 v.u.Z. gab es auf diese Weise zwei Alexanderpriester, einen bei Kleopatra II. in Alexandria und einen beim König bzw. "im Lager des Königs". Kleopatra II. war damals in Alexandria völlig isoliert. Sie bot daher 129 v.u.Z. ihrem seleukidischen Schwiegersohn Demetrios II. als Lohn für eine militärische Intervention die Herrschaft über Ägypten an. Jedoch kam  er mit seinem Expeditionsheer nur bis zur ägyptischen Grenzfestung Pelusion, wo ihm Ptolemaios VIII. Euergetes entgegentrat. Infolge einer Meuterei seiner Truppen mußte er seine Pläne aufgebe (Frühjahr 128 v.u.Z.). Dadurch wurde die Lage für Kleopatra II. in Alexandria aussichtslos; sie flüchtete samt dem ptolemäischen Staatsschatz nach Syrien. Somit beraubte Euergetes II. mit seiner erfolgreichen Außenpolitik Kleopatra II. ihres erhofften Rückhaltes in Syrien.
Im Jahre 124 v.u.Z. kam es nach Aussage der Datierungsformeln zu einer wenigstens äußeren Versöhnung der ptolemäischen Streitparteien, und die merkwürdige Dreierregierung wurde fortgesetzt. Der Begriff der Theoi Euergetai umfaßte nun wieder - wie schon 140 v.u.Z.-130 v.u.Z. - Ptolemaios VIII. und seine beiden Frauen Kleopatra II. und III. Warum sich Ptolemaios VIII. Euergetes mit seiner geschlagenen Schwestergemahlin plötzlich aussöhnte, bleibt uns verborgen. Möglicherweise stand dies in Verbindung mit seiner Syrienpolitik.
Nach dem Tode des Ptolemaios VIII. Euergetes II. († 28.6.1116 v.u.Z.) wollte Kleopatra III. ihren jüngeren Sohn Ptolemaios X. Alexander I. zum Mitregenten nehmen, jedoch konnte ihre Mutter und Rivalin Kleopatra II. dies vereiteln: Heer und Volk erhoben in Alexandria den älteren PTOLEMÄER zum König, so dass Kleopatra III. nun gezwungen war, ihn als Ko-Pharao zu akzeptieren. Gleichzeitig setzte Kleopatra II. ihre eigene Teilnahme an der Regierung durch. Diese Dreierherrschaft ist durch eine demotische Urkunde vom 29. Oktober 116 v.u.Z. bezeugt; voran stehen die beiden Pharaoninnen mit Namen Kleopatra, als dritter erscheint der Pharao Ptolemaios mit dem Kultnamen Philometor Soter. Dieser Titel ist die maskuline Form des Kultnamens, den Kleopatra II. während des Bürgerkrieges gegen Ptolemaios VIII. angenommen hatte. Noch vor Ende 116 v.u.Z. wird Kleopatra II. gestorben sein.