Als Otto II. um 1240 Kundigunde von Habsburg, die Schwester des späteren Königs RUDOLF I., heiratete, begann damit der Aufstieg der OCHSENSTEINER zu einem der bedeutendsten Adels-Geschlechter des Unter-Elsass. Ottos II. und Kunigundes erstgeborener Sohn Otto III. begleitete seinen königlichen Onkel auf seinen Kriegszügen und Unternehmungen vor allem in Böhmen. Als Dank für seine Loyalität und Treue ernannte ihn RUDOLF I. zum Landvogt (französisch bailli provincial) im Elsass und Breisgau.

Im Jahr 1284 wurde ein Teil der Burg belagert, eingenommen und zerstört. Mit Gewissheit handelte es sich dabei um Klein-Ochsenstein und möglicherweise auch um den Nordteil der Anlage. Ältere Publikationen geben an, Ochsenstein sei durch Friedrich von Hohenstein belagert worden, der mit Otto III. verfeindet gewesen sei. Diese Angabe beruht jedoch auf einer falschen Lesart des in den Colmarer Annalen überlieferten Namens. Der Chronist dieses Ereignisses nennt als Belagerer Truppen des Straßburger Bischofs und den Landvogt des Elsass mit Namen „von Hostenstein“, was oft als „von Hohenstein“ gedeutet wurde. Allerdings hatte zu jener Zeit niemand anderes als Otto III. von Ochstenstein das Amt des elsässischen Landvogts inne, sodass er demnach seine eigene Burg zerstört hat. Das Ereignis lässt sich damit erklären, dass Klein-Ochsenstein im Besitz der Vögte von Wasselnheim war, die Gefolgsleute Friedrich III., Herzog von Lothringen, waren. Dieser lag in Konflikt mit der Straßburger Bischof Konrad III. von Lichtenberg, mit dem Otto III. von Ochsenstein verwandt war, sodass dieser auf Seiten des Prälaten stand. Die zerstörten Gebäude ließ Otto III. anschließend aber wieder aufbauen. Nach dem Tod RUDOLFS I. wurde er durch dessen Nachfolger ADOLF VON NASSAU als Landvogt bestätigt.