Wenige Monate nach dem Regensburger Reichstag im Juni/Juli 1180 entschied BARBAROSSA über die Zukunft des freigewordenen bayerischen Herzogtums. Am 16. September belehnte er damit zu Altenburg in Thüringen einen Mann seiner nächsten Umgebung, den Pfalzgrafen Otto von Wittelsbach aus dem Hause der Grafen von Scheyern. Die Schwierigkeiten des Herrschaftsüberganges konnten überwunden werden, wenn auch mehrere weltliche Große dem neuen Herzog auf seinem ersten Landtag zu Regensburg im November 1180 den Lehnseid verweigerten, voran die Markgrafen Berthold von Andechs und Otakar von Steier wie oft vermutet worden ist. Hinter Otto stand der Kaiser und die überwiegende Mehrheit der bayerischen Kirchenfürsten, so besonders ein Bruder Ottos, Konrad, früher Erzbischof von Mainz, seit 1177 Erzbischof von Salzburg und damit Primas der bayerischen Kirche, eine im Reichs- und Kirchendienst gleich ausgezeichnete Persönlichkeit. Vom alten Welf VI. war keine Opposition zu erwarten. Das Pfalzgrafenamt, das in der Familie erblich war, wechselte an Ottos gleichnamigen Bruder. Den Titel Pfalzgraf führte auch Friedrich, ein vierter Bruder, der 1198 als Laienmönch im Kloster Indersdorf gestorben ist.
Der Akt von Altenburg wirkte dynastiegründend. Wurde in den vorausgehenden Jahrhunderten die im alten Bayernrecht vorgezeichnete erbliche Bindung der bayerischen Herzogswürde an ein Geschlecht oft und oft durchbrochen, so blieb von jetzt an Bayern im Besitz der WITTELSBACHER bis ins 20. Jahrhundert. Auf Herzog Otto folgte ohne neuen königlichen Willensakt 1183 sein Sohn, so dass anzunehmen ist, dass nach dem österreichischen Vorbild von 1156 die Erblichkeit des Herzogtums dem Geschlecht bereits 1180 verbürgt wurde. Im Jahr 1208 wurde sie vom Reichsoberhaupt, vom WELFEN OTTO IV. unter Verzicht auf seine und seines Hauses Ansprüche, ausdrücklich anerkannt. Mit der erblichen Belehnung war ein Rechtsanspruch auf das Herzogtum verbürgt, war die Möglichkeit des Zusammenwachsens von Land und Fürst, Volk und Dynastie zu höchster Leistung angespornt.
Herzog Otto gehörte der vordersten Reihe der Reichsfürsten der BARBAROSSA-Zeit an, geprägt in ihrem Wesen von den Idealen des Rittertums und im Besitz hervorragender persönlicher Eigenschaften, von jenem hochgespannten staufischen Reichsbewusstsein erfüllt waren, wie es uns aus den Manifesten der kaiserlichen Kanzlei entgegentritt. Sein Bild trägt eine persönliche Note. Er erscheint als unerschrocken und wagemutig, zu persönlichem Einsatz jederzeit entschlossen, heißblütig, auch schroff, besorgt um die Wahrung von Ordnung und Recht. Hatte er auch das Herzogtum verkleinert übernommen, die Herzogsrechte waren in ihrem Umfang nicht geschmälert worden. Er führte die Herrschaft nicht anders als Heinrich der Löwe. Die Hauptleistung seiner nur dreijährigen Regierungszeit bestand darin, dass er sich durchsetzte, die Opposition zum Schweigen brachte und Frieden und Ordnung im Land aufrechterhielt, wobei ihm, wie wir annehmen dürfen, die hervorragende Stellung seiner Brüder Konrad  und Otto sehr zu gute kam. Die bayerischen Quellen kennen ihn vornehmlich als Richter. Er starb am 11. Juli 1183 im Alter von 66 Jahren.
Mit seinem Tod trat Bayern in eine staatliche Krise ein, die zu den schwersten seiner Geschichte gehört. Das Land war ohne die starke Führung, deren es eben in diesen Jahren bedurft hätte. Vermutlich gleichzeitig mit der Belehnung Ottos war die Erhebung des jugendlichen, zur Selbständigkeit drängenden Markgrafen von Steier, Otakar, zum Herzog erfolgt, der damit auf dieselbe Stufe wie Otto gehoben, von der bayerischen Herzogswürde unabhängig wurde und die Möglichkeit gewann, seine Herrschaft in einen Territorialstaat umzuformen. Der Gesamtkomplex seiner Güter und Rechte trat als Herzogtum Steiermark, erstmals 1186 so genannt, gleichrangig neben Bayern und Österreich. Zu ihm gehörten auch Teile des Traungaus, der dem bayerischen Herzogtum noch unter Heinrich dem Löwen unterstanden hatte, wie dessen Gerichtstag zu Enns 1176 beweist. Die Abhängigkeit der Steiermark vom alten Stammland, die an sich nur noch locker gewesen war, hatte ihr Ende gefunden. Um dieselbe Zeit, noch unter Heinrich dem Löwen, hatte BARBAROSSA dem aus einer wittelsbachischen Nebenlinie stammenden Grafen Konrad III. von Dachau das Herzogtum Meranien, das er 1153 dessen Vater übertragen hatte, entzogen und es, wohl als Entschädigung für die Bevorzugung Ottos, dem Markgrafen von Istrien-Krain, Berthold IV. von Andechs, verliehen, der als Markgraf und nunmehriger Herzog damit gleich Otakar die Unabhängigkeit von der bayerischen Herzogsgewalt gewann, wie dieser in den neuen Reichsfürstenstand einrückte und daran gehen konnte, auf der breiten territorialen Basis, die er im Alpenvorland und im Gebirge selbst besaß, ein geschlossenes Fürstentum aufzubauen. Wurde durch die Entscheidungen von 1156 und 1180 die unmittelbare Verbindung Bayerns mit dem Osten und Südosten abgeschnitten, das bayerische Herzogtum endgültig auf die Ausgangsstellung der AGILOLFINGER zurückgeworfen und aus einem Grenzland ein Binnenland, so drohte die Erhöhung der ANDECHSER den Kern des alten Stammesherzogtums zu sprengen.