Ekbert III. ist vermutlich ohne Testament gestorben. Die einzige Erbin war nach dem baldigen kinderlosen Tode seiner Schwester Mathilde die zweite Schwester Kunigunde, die sich aber zum 2. Mal unter ihrem Rang verheiratet hatte. Das Ausschlaggebende bei der Erbregelung waren die Reichslehen, die Grafschaften Neuburg-Schärding und Windenberg. Man wird allgemein, besonders aber an höchster Stelle als untunlich empfunden haben, dass diese an Ekbert, den unmündigen Sohn Ulrichs III. von Deggendorf, fielen, dessen Vater ein einfacher Edelfreier war. Andererseits waren die Grafschaften seit langem mit den allodialen Mittelpunkten Neuburg und Windberg innig verbunden, also diese Allode von den Grafschaften praktisch nicht zu lösen, dazu Berthold V. von Andechs, Kunigundes Stiefsohn, sicher der gegebene Mann für die Übernahme des gesamten Erbes. Daher wird man Kunigundes Töchter aus ihrer 1. Ehe dem klösterlichen Stande zugeführt und zum Verzicht zugunsten Bertholds V. bewogen haben. Immerhin war das eine rechtliche Künstelei, und Otakar III. von Steiermark war offenbar nicht gewillt, diese Regelung auch bezüglich des in seiner Markgrafschaft gelegenen Ländchens Pitten anzuerkennen und den glücklichen und mächtigen Erben sich im eigenen Hause breit machen zu lassen, er "zog sich" zu dem Ländchen (DChr. 3, 709). Kunigunde von Deggendorf  jedoch blieb auf ihrem Pflichtteil an dem väterlichen Erbe beschränkt, den sie auf ihren Sohn vererbte.