Auch die Beziehungen zwischen den ANDECHSERN und König PHILIPP VON SCHWABEN vertieften sich seitdem. Der STAUFER erklärte sich nicht nur damit einverstanden, daß Herzog Otto VII. die Grafschaft Windberg an Bischof Manegold von Passau verkaufte. Er bot ihm überdies auch die Hand seiner Nichte Beatrix, der Erbin der Freigrafschaft Burgund, an.
Da PHILIPP VON SCHWABEN nur Töchter besaß und FRIEDRICH, der Sohn HEINRICHS VI., wegen zu naher Verwandtschaft ausschied, lag es nahe, unter den staufischen Parteigängern nach einem geeigneten Ehemann Ausschau zu halten. Herzog Otto VII. nahm das Angebot des Königs an. Er traf Anfang 1208 mit seinem Bruder Ekbert am königlichen Hof in Straßburg ein. Hier dürfte vor allem über die Höhe des Heiratsgutes gesprochen worden sein, das der Bräutigam seiner Braut geben mußte. Außerdem werden die Bedingungen ausgehandelt worden sein, unter denen der MERANIER die Belehnung mit der Freigrafschaft erhalten würde. Möglicherweise bestimte man schon damals den 21. Juni 1208 als Tag der Eheschließung.
PHILIPP VON SCHWABEN sammelte im Frühjahr 1208 ein starkes Heer, da er nach Ablauf des Waffenstillstands am 24. Juni gegen den WELFEN zu Felde ziehen wollte. Er fand Gelegenheit, an der Hochzeit seiner Nichte mit dem MERANIER teilzunehemen und verlieh dem Fest durch seine Anwesenheit zusätzlichen Glanz. Bischof Ekbert segente die Ehe ein. Der König verlieh im Anschluß an die kirchliche Feier dem Herzog die burgundische Herrschaft. Nachdem die Festlichkeiten zu Ende gegangen waren, gab der König den Vermählten das Geleit bis vor die Stadt. Dann kehrte er in den Palast des Bischofs zurück.
Der König gedachte, die Ruhe des samstäglichen Nachmittags zu genießen: In drei Tagen würde man das Fest Johannes' des Täufers feiern, dann wäre auch das Ende des Waffenstillstands gekommen. Noch einmal würden Kriegsgeschrei und Waffenlärm sich erheben, zuletzt er selbst als Sieger aus dem Thronstreit hervorgehen.
In PHILIPPS Umgebung ließ man es an jenem denkwürdigen Festtag an der nötigen Vorsicht fehlen. Daher konnte Pfalzgraf Otto von Wittelsbach, ein naher Verwandter Herzog Ludwigs I. von Bayern, wie dieser als Anhänger des STAUFERS bekannt, gegen drei Uhr nachmittags ungehindert zum König gelangen. Er trat in das Zimmer, in dem der Herrscher sich ausruhte, zog das Schwert und durchbohrte sein Opfer. Es dauerte einige Zeit bis der Mord entdeckt wurde. Das verschaffte dem Pfalzgrafen Gelegenheit, unbehelligt den Palast des Bischofs zu verlassen und aus der Stadt zu fliehen.
Mit dem gewaltsamen Tod PHILIPPS VON SCHWABEN war die Hoffnung auf ein staufisches Königtum fürs erste geschwunden. Die Aussicht, daß ein Reichsfürst an die Stelle des Ermordeten träte, der den Kampf gegen einen zwar angeschlagenen, aber noch nicht besiegten Gegner aufnähme, erschien gering. Im übrigen war nicht damit zu rechnen, daß der Papst sich mit einem solchen Vorgehen einverstanden erklärte. Es schien daher ratsam, sich mit der neuen Lage abzufinden und den ehemaligen Gegner anzuerkennen.
Das galt insbesondere für Herzog Ludwig I. von Bayern, den Verwandten des Königsmörders. Seine Familie besaß die Herzogswürde seit 1180. Ihr Bestand war aber jetzt insofern gefährdet, als damit zu rechnen war, daß die WELFEN darauf wieder Anspruch erheben würden. Nur ein rascher Übertritt auf die Seite OTTOS IV. konnte diese Gefahr bannen. Herzog Ludwig I. besaß die Einsicht und Entschlossenheit, diesen Schritt so rasch wie möglich zu vollziehen.
Über die Beweggründe des Königsmörders herrschte zunächst Unklarheit. Der wittelsbachische Pfalzgraf konnte dazu nicht befragt werden, weil er sich der Festnahme durch die Flucht entzogen hatte. Für den bayerischen Herzog wie für seinen neuen welfischen Herrn konnte es aber nur von Nutzen sein, wenn die Tat als das Werk eines Einzelgängers erschien, der aus privater Rache gehandelt hatte. Doch nicht zufällig ging sehr rasch das Gerücht um, Pfalzgraf Otto von Wittelsbach habe den STAUFER ermordet, weil dieser sein Versprechen gebrochen habe, ihm eine Tochter zur Frau zu geben. Bei dieser Erklärung blieb es. Sie war um so bequemer, als König OTTO IV. dadurch von vornherein nicht in den Verdacht der Mitwisserschaft geriet.
Auch Herzog Ludwig I. mußte als naher Verwandter des Mörders bestrebt sein, den Verdacht der Komplizenschaft zu entkräften. Eine Mitschuld am Tod des STAUFERS traf auf jeden Fall Bischof Ekbert und den Markgrafen von Istrien, weil sie für die Sicherheit des Königs nicht in ausreichendem Maße gesorgt hatten. Wer nach Genossen des Verbrechers suchte, konnte den Verdacht der Mitwisserschaft daher leicht auf die ANDECHSER lenken. Bald sprach man davon, daß der Pfalzgraf von Wittelsbach mit den beiden Fürsten im Bunde gestanden hatte, daß er ohne deren Hilfe sein Verbrechen überhaupt nicht ausführen hätte können.
Jetzt begann die Lage für den Bischof und seinen markgräflichen Bruder gefährlich zu werden. Sie konnten zweifellos auf die Treue der Andechser Ministerialen rechnen, wenn eine aufgebrachte Menge den bischöflichen Palast zu stürmen versuchte. Aber vor den Mauern der Stadt lag viel fremdes Kriegsvolk, das PHILIPP VON SCHWABEN für seinen Feldzug gegen OTTO IV. gesammelt hatte und das sich durch den unerwarteten Tod des Königs um den erhofften Sold gebracht sah. Der Bischof und der Markgraf taten deshalb gut daran, der unsicher gewordenen Stadt den Rücken zu kehren und bei ihrer Schwester Gertrud am ungarischen Hof Zuflucht zu suchen.