Nach PHILIPPS Tode stand der Gegen-König OTTO in Deutschland ohne Nebenbuhler da. Im engen Bunde mit Papst Innocenz III. vermochte er auch die kriegsmüden Freunde des staufischen Hauses, darunter die verschiedenen schwäbischen Herren, auf seine Seite zu treten und den einzigen noch lebenden männlichen Sprossen dieses Hauses sich selbst zu überlassen. Es war dies der 13-jährige Sohn Kaiser HEINRICHS VI., FRIEDRICH, welcher fern in dem ererbten Königreich Sizilien weilte. Am 11. November 1208 fand sich zu Frankfurt eine zahlreiche Versammlung ein, in welcher insbesondere Franken, Schwaben und Bayern vertreten waren. Hier wurde OTTO allseitig als König anerkannt, wogegen er eine ausgedehnte Begnadigung gewährte. Groß war die Teilnahme, als hier, vom Bischof Konrad von Speier eingeführt und ganz in Tränen aufgelöst, die älteste Tochter König PHILIPPS, die noch zarte Beatrix, Gerechtigkeit und Rache wegen der Ermordung ihres Vaters forderte. Nach gemeinsamen Beschlusse der Fürsten traf den Mörder die Acht, welche der Marschall Heinrich von Kalden im folgenden Frühjahr in der Gegend von Regensburg durch Tötung des Missetäters vollzog. Schon bei dieser Gelegenheit versprach OTTO den in ihn dringenden Fürsten, Beatrix zur Gattin zu nehmen, wenn das kirchliche Hindernis der Verwandtschaft gehoben sei, und nahm die Fürstin in seinen vormundschaftlichen Schutz. Auf einem großen Hoftage zu Würzburg am 24. Mai 1209 wurde auf Grund der päpstlichen Dispensation von den anwesenden Fürsten die Ehe gutgeheißen, sodann das jugendlich blühende Mädchen von einigen derselben vor des Königs Thron geführt. Um ihre Einwilligung befragt, gab sie errötend ihr Jawort. Der König umarmte, küßte sie, reichte ihr den Ehering und sprach: "Sehet da eure Königin, ehret sie, wie sich's gebühret". Der Vollzug der Ehe blieb indes wegen der Jugend der Braut noch ausgesetzt und sie erhielt vorerst ihren Sitz in Braunschweig angewiesen. Da der Nachlaß König PHILIPPS zunächst nicht geteilt wurde, bekam der WELFE durch diese Verbindungen den Besitz und die Verwaltung des gesamten staufischen Erbgutes, welches immer noch die stattliche Menge von 350 Burgen zählte.
Bereits vor seiner Verlobung hatte König OTTO im Dezember 1208 und im Beginne des folgenden Jahres das Erbland seiner Braut besucht und am 27. Januar zu Weingarten, dem alten Sitze seines eigenen Geschlechts, verweilt. Auch er behielt das schwäbische Herzogtum in unmittelbarer Verwaltung und sorgte daselbst kräftig für die Herstellung der Ordnung. Es tat dies allerdings not, denn seit König PHILIPPS Tode herrschte wieder wilde Fehde- und Raublust im Lande und hatten namentlich die Klöster viel Ungemach zu leiden. Doch gelang es OTTO bei seinem hochfahrenden und barschen Wesen nicht, sich Liebe und Anhänglichkeit zu erwerben, und schon im Beginn des Jahres 1210 ließen sich einige Klöster des Landes, Salem und Thennenbach, von dem jungen STAUFER FRIEDRICH zu Catania den Besitz von Gütern bestätigen, erkannte somit ihn als schwäbischen Herzog an, mochte auch FRIEDRICH in den betreffenden Urkunden den Titel eines solchen sich nicht beilegen.
In Begleitung von mehreren schwäbischen Herren trat König OTTO im Juli 1209 über Ulm und Augsburg seine Romfahrt an. Allein kaum hatte ihm Papst Innocenz III. am 4. Oktober des Jahres die Kaiserkrone aufs Haupt gesetztt, als auch er sich bewogen sah, in die Bahn seiner Vorgänger im Reiche einzulenken und den päpstlichen Forderungen entgegenzutreten. Er weigerte sich, die Mathildischen Güter herzugeben, die dem Papst zugestandene Lehnsherrlichkeit über die Mark Ancona anzuerkennen, richtete seine Angriffe auf Apulien, das Erbe des päpstlichen Mündels FRIEDRICH, und unterwarf sich alles Land bis Tarent. Dafür sprach Innocenz den 18. November 1210 über ihn den Bann aus, welcher im folgenden Jahre in Deutschland allgemein verkündigt wurde und namentlich in Schwaben freudige Aufnahme fand, da hier noch immer große Anhänglichkeit an die STAUFER herrschte. Überhaupt bildete sich jetzt eine Gegenpartei, an deren Spitze besonders der Erzbischof von Mainz, König Ottokar von Böhmen und Landgraf Hermann von Thüringen standen. Sie versammelten sich erst heimlich zu Bamberg und dann öffentlich zu Nürnberg, erklärte OTTO des Reichs für verlustig und berief FRIEDRICH, für welchen König Philipp August von Frankreich und sein Vormund, der Papst, wirkten, zur Übernahme der Krone. Durch besondere Abgeordnete, Heinrich von Neuffen und Anselm von Justingen, wurde der jetzt 17-jährige König in Sizilien eingeladen, dieser Aufforderung Folge zu leisten. Während Heinrich zunächst in der Lombardei blieb und hier mit Erfolg für FRIEDRICH warb, gelangte Anselm auf gefahrvollen Wegen über Rom, wo er die Verhandlungen mit Innocenz zum Abschlusse brachte, nach Palermo zu FRIEDRICH. Dieser nahm den Ruf an, ließ seinen ganz jungen Sohn HEINRICH, den ihm seine Gemahlin Konstanze von Aragonien, verwitwete Königin von Ungarn geboren, zum Könige von Sizilien krönen und machte sich im März des Jahres 1212 nach Deutschland auf. Nachdem er sich zu Rom persönlich mit dem Papste verständigt, gelangte er unter vielen Gefahren und Mühen über Chur wohl um die Mitte Septembers mit 300 Mann vor Konstanz.
Inzwischen war Kaiser OTTO bereits im Februar des Jahres von Italien nach Deutschland zurückgekehrt und hatte am 22. Juli zu Nordhausen das Beilager mit Beatrix gefeiert. Allein die junge Kaiserin starb plötzlich am 11. August, und auf die Nachricht hiervon verließen die Schwaben und Bayern heimlich bei Nacht mit Preisgebung ihres Gepäcks das kaiserliche Lager. OTTO rückte im September von Thüringen an den Bodensee und bereitete sich eben vor, seinem Gegner den Eintritt in die Stadt Konstanz zu verwehren, als FRIEDRICH die Bürger und den anfangs schwankenden Bischof gewann. Sie nahmen ihn in die Stadt und ließen den Kaiser, welcher drei Stunden später in der sicheren Hoffnung auf ungehinderten Einzug vor derselben erschienen war, wieder abziehen, ohne ihm Einfluß zu gewähren. Gerettet zog FRIEDRICH über Basel in das an altem Stammgute seines Hauses reiche Elsaß und fand hier offenbar Aufnahme, wie er denn überhaupt durch sein gefälliges Wesen und durch reiche Spenden sich schnell großen Anhang erwarb. So sah er bereits in den ersten Monaten eine Reihe schwäbischer Grafen um sich geschart und verband sich noch weiter vom Elsaß aus mit dem, dem Kaiser schon lange feindlichen Könige Philipp August von Frankreich:
Die einschlägigen Verhandlungen wurden von FRIEDRICH persönlich den 18. November zu Vaucouleurs bei Toul mit Philipp Augusts Erstgeborenen, Ludwig, geführt. - OTTO seinerseits war auf der Schwarzwaldseite des Rheins hinabgerückt, mußte aber auch von Breisach wieder schmählich abziehen und fliehend in seiner sächsischen Heimat Rettung suchen. Im Norden und Nordwesten Deutschlands hatte er überhaupt noch immer einen bedeutenden Anhang, als die Schlacht bei Bouvines, welche er am 27. Juli 1214 gegen den französischen König verlor, seine Macht völlig brach. Er blieb fortan auf seine Erblande beschränkt, wenngleich er seinen weiteren Ansprüchen bis an seinen Tod (19. Mai 1218) nie förmlich entsagte.