Entgegen allen anderen Erwartungen - vermutlich auf Anregung von Herzog Leopold selbst und auf Rat des mit dem BABENBERGER blutsverwandten Bischofs Konrad von Regensburg - entschied sich Kaiser FRIEDRICH für Margarete, die älteste Tochter Herzog Leopolds, als Gattin für seinen Sohn, König HEINRICH. Schon Ende November 1225 fand die Hochzeit König HEINRICHS mit Margarete von Österreich in Nürnberg statt. Mit dieser 1225 geschlossenen ehelichen Verbindung zwischen dem Sohn des Kaisers und der Tochter des österreichischen Herzogs wurde die schwere Gegnerschaft des Böhmen-Königs heraufbeschworen, der bereits alle Aussicht gehabt hatte, selbst Schwieger-Vater des deutschen Königs zu werden.
Im babenbergischen Erbstreit nach dem Tode Friedrichs II. des Streitbaren stand der Papst mehr auf Seite Gertruds und suchte Margarete mit dem Grafen Hermann von Henneberg, einem Neffen des Gegen-Königs HEINRICH RASPE und einem Halb-Bruder des Markgrafen Heinrich des Erlauchten von Meißen, zu verheiraten. Sie, die immer noch hoffte, dass einem ihrer Söhne aus der Ehe mit König HEINRICH (VII.), Heinrich oder Friedrich, die Herrschaft - wenn schon nicht im Reich, so in den österreichischen Ländern - zufallen würde, lehnte ab, nahm aber die päpstliche Dispens von einem etwaigen Ordensgelübde als gegeben. Es ist interessant zu verfolgen, wie in den Jahren 1246-1252 die beiden Frauen, Tante und Nichte, teils verbündet, teils in offenem Gegensatz und in Konkurrenz, den Gewinn der österreichischen Länder anstrebten, wobei der Papst abwechselnd die eine oder die andere Seite förderte. Das zeigt sich bereits deutlich im Herbst des Jahres 1246, als Königin
Margarete - als heres legitima - die Schenkung des einst dem Kämmerer Gottfried gehörigen Hauses mit der Dreifaltigkeitskapelle auf dem Kienmarkt in Wien an den Kämmerer Berthold durch ihren verstorbenen Bruder bestätigt. Margarete, die sich teils in Wien, teils in Hainburg aufhielt, ausgesprochen kaiserlich-staufisch gesinnt war, Gertrud hingegen päpstlich wie ihr Schwieger-Vater, der König von Böhmen.
Aber das Interesse des Papstes an Gertrud war im Erlöschen. Sie ging ihre eigenen Wege, immer bestimmt von Eifersucht und Abneigung, ja Haß gegen ihre Tante Margarete, die Schwester Herzog Friedrichs II. Diese lebte zurückgezogen in Hainburg an der Donau. Aber schon in den nächsten Jahren sollte sie ins Rampenlicht treten. Es waren die österreichischen Landesherren selbst, die - der Unruhe und Unsicherheit im Lande überdrüssig - nach einem starken Landesfürsten riefen. Sie wendeten sich an den mächtigsten Fürsten des Reiches, den König Wenzel I. von Böhmen. Der wies sie an seinen zweiten Sohn, Ottokar Premysl, Markgraf von Mähren. Die Landesherren wandten sich im November 1251 an ihn, und er rückte sofort in Österreich ein. Schon am 16. November 1251 nannte sich Ottokar marchio Moravie et dux Austrie. Ihm schien es aber zunächst klug und notwendig, seine Herrschaft durch die Heirat mit der Erbin Margarete zu legitimieren und zu sichern. So vermählte er sich bereits am 11. Februar 1252 mit Margarete, Königin-Witwe und Schwester des letzten regierenden BABENBERGERS, auf ihrer Feste in Hainburg. Papst Innocenz IV. bestätigte am 6. Mai 1252 den rechtmäßig erfolgten Übergang der Herzogtümer Österreich und Steiermark an Ottokar und Margarete. Erst am 5. Juli 1253 langte die Dispens des Papstes wegen des zu nahem Verwandtschaftsgrades des Ehepaares (gemeinsamer Ur-Großvater bzw Ur-Ur-Großvater) ein. Am 16. Juni 1252 führt Margarete in einer Urkunde, mit der sie der Propstei Ardagger ihr Mautrecht sichert, neben ihrem Titel Romanorum (quondam) regina zum ersten Mal auch den Titel ducissa Austrie et Stirie ac marchionissa Moravie.
Aber auch Gertruds Tante Margarete brachte die Politik keinen dauernden Gewinn. 1260 urkundet sie als domina regni Bohemie. Im Lager von Laa an der Thaya stellte sie als Königin von Böhmen und Herzogin von Österreich und Steier eine Urkunde aus, worin sie mit Zustimmung ihres Gemahls dessen Diplom vollinhaltlich bestätigt, womit er die Verleihung der alten Grenzgrafschaft Raabs an Wok von Rosenberg ausgesprochen hatte.
Im Jahre 1261 hatte sich Ottokar von Margarete getrennt und sich mit Kunigunde von Halics, einer Enkelin König Belas IV. von Ungarn, vermählt. Margarete zog sich nach Krumau am Kamp zurück, wo sie im Mai 1262 für Heiligenkreuz urkundete, und dem Stift ein Bergrecht in Thallern schenkte. Dem Kloster Zwettl bestätigte Margarete im Jahr 1264 - gemäß den Urkunden König KONRADS III., ihres Vaters Leopold und ihres Bruders Friedrich - die Freiheiten und Rechte des Klosters. Die letzte nachweisbare Urkunde Margaretes stammt vom Jahre 1266 und betrifft eine Schenkung des Dorfes Grafenberg in der Pfarre Eggenburg an das Kloster Lilienfeld, wo sie sich ihre Grabesstätte erwählt hatte. Margarete hielt sich vorwiegend in Krumau auf, im Winter in Krems. 1266 ist sie gestorben und wurde an der Seite ihres Vaters in Lilienfeld beigesetzt. Das Schicksal Margaretes können wir aus ihren Titeln ablesen. Nach der Trennung von Ottokar (1261) nennt sie sich wieder Romanorum quondam regina, behält jedoch den Titel ducissa Austrie et Stirie bei (1264). 1266 aber urkundete sie als quondam filia Livpoldi illustris ducis Autrie et Stirie et Romanorum regina. Zuletzt also blieb über alles hinweg der Hinweis auf den Vater.