Margarete war die älteste Tochter, vielleicht sogar das älteste Kind des Grafen Wilhelm I. von Hennegau, Holland, Seeland, Herrn von Friesland und seiner Gemahlin Jeanne, einer Tochter des Grafen Karl von Valois, Alencon, Chartres und Anjou. Die Ehe Wilhelms und der Jeanne de Valois war im Jahre 1303 vereinbart und am 19.5.1305 geschlossen worden.
Margarete, so darf mithin vermutet werden, war bei ihrer Hochzeit mit DEM BAYERN am 25.2.1324 mindestens 14, höchstens aber 18 Jahre alt, ist frühestens 1306, spätestens im Januar 1310 geboren worden. Ursprünglich hatte übrigens sie, nicht also Philippa, den 1313 geborenen englischen Thronfolger heiraten sollen, dessen Vater Eduard II. bereits 1318 und 1320 an der Kurie um Dispens wegen zu naher Verwandtschaft des Paares nachsuchte. Aber die Sache zerschlug sich, nicht Eduard III., sondern LUDWIG DER BAYER wurde Margaretes Mann.
Die neue Ehe des damals etwa 36 Jahre alten Königs mit der allenfalls 18-jährigen, wahrscheinlich aber noch jüngeren Margarete von Hennegau dürfte schon kurze Zeit nach dem Tod von LUDWIGS erster Gemahlin ins Auge gefaßt worden sein.
LUDWIGS Bevollmächtigte erklärten dann auch zunächst, daß Margarete Einkünfte in Höhe von bis zu 11.000 Pfund Heller im Jahr zustehen würden, die durch die Übertragung der Burgen Kaub, Fürstenberg, Reichenstein und Lindenfels gesichert wurden, vor allem aber durch den Zoll unterhalb der Burg Kaub. Aus dem Vetrag geht eindeutig hervor, daß die Burgen unmittelbar nach dem Vollzug der Ehe in Margaretes Besitz übergehen sollten, nicht also erst beim vorzeitigen Tod ihres Gemahls. Erst nach dieser Festlegung der donatio durch den Mann gelobte Graf Wilhelm, daß er als Mitgift (dos) seiner Tochter 47.000 Pfund Heller zahlen werde, die Hälfte nach dem Vollzug der Ehe, die andere Hälfte am Ende des Jahres nach der Hochzeit. Für dieses Kapital bekam die Braut weitere Zahlungen, nämlich 5.000 Pfund im Jahr (= 10,64 Prozent), die allerdings nicht auf bestimmte Burgen oder sonstige Orte angewiesen wurden.
47.000 Pfund Heller war eine enorme Summe; die Könige von Böhmen statteten ihre Töchter im Normalfall mit einer Heimsteuer oder Mitgift von 10.000 Mark Silber aus, das waren nach dem damals üblichen schematischen Wechselkurs 30.000 Pfund Heller. Mit 47.000 Pfund Heller hätte DER BAYER mithin einen Trupp von etwa 195 bis 260 "Helmen" ein Jahr lang unter Waffen halten können.
Obwohl die Ehe des Königs mit Margarete von Hennegau noch vor der Verhängung des Banns geschlossen wurde, stand sie doch bereits so sehr im Schatten dieses verhängnisvollen Vorgangs, daß die meisten zeitgenössischen Chronisten die Hochzeitsfeier am Sonntag, dem 25.2.1324, nahezu vollständig mit Schweigen übergingen. Nur Wilhelm, Mönch und Prokurator des Klosters Egmond berichtet nicht über ein grandioses Fest, sondern über die Tatsache, daß Margaretes Ehe gegen den Widerstand der Mutter vereinbart worden war.
Während er selbst mit einer kleinen Eskorte über Bergamo nach Como zog, folgte ihm Margarete mit einer 500 Reiter und 800 Schützen umfassenden Truppe. Sie überquerte dabei wohl den Slügenpaß und erreichte vermutlich am 3.5. ihren noch immer in Como harrenden Gemahl.
Sie hat ihn dann während der gesamten Reise durch Italien begleitet - über 18 Monate hinweg, in schwangerem Zustand:
Am 7.5.1328 brachte sie in Tom ihren ersten Sohn zur Welt, der zur Unterscheidung von seinem gleichnamigen Halb-Buder aus DES BAYERN erster Ehe nach seinem Geburtsort „Ludwig der Römer“ genannt wurde. Noch vor der Rückkehr nach Bayern - Anfang 1330 - folgte die Geburt der dritten Tochter, die auf den Namen Elisabeth getauft wurde. Noch vor Ludwigs Geburt war Margarete zur Kaiserin gekrönt worden, und zwar am 17.1.1328 in der alten Peterskirche zu Rom. Über den Vorgang hat sie selbst zwei Monate später in zwei Briefen an ihre Mutter sowie an den Abt des Klosters Egmond berichtet.
Vermutlich im Frühherbst 1336 schrieb sie einen Brief an ihren Onkel Philipp in Paris und schlug diesem darin eine Allianz mit ihrem Gemahl vor.
Die Eigenständigkeit von Margaretes Demarche sollte gewiss nicht überschätzt werden. Die HENNEGAUERIN hatte die Initiative dazu unbezweifelbar im Einvernehmen mit ihrem Mann ergriffen, vermutlich war sie von LUDWIG darum gebeten oder dazu gedrängt worden. Indes lassen die späteren Ereignisse erkennen, dass die Kaiserin, aber auch ihre Mutter und ihre Schwester Philippa in der politischen und diplomatischen Sphäre als ebenbürtige Partnerinnen ihrer Ehemänner, Schwäger, Söhne und Schwieger-Söhne zu agieren pflegten und ihre Mitwirkung auch bereitwillig akzeptiert wurde.
Über Margaretes Beteiligung an den Verhandlungen und die Rolle, die sie und ihre Schwester Philippa während der Begegnungen der beiden Schwäger in Koblenz spielen durften, erfahren wir so gut wie nichts. Allerdings war Eduard III. offenbar der Meinung, dass seine Schwägerin hinter den Kulissen einen beträchtlichen Einfluss ausübte, jedenfalls war für sie ein Gastgeschenk von immerhin 2.400 fl. vorgesehen, dem Kaiser wurde auch nicht viel mehr gezahlt, nämlich 4.000 fl.
Margaretes Mutter Jeanne hatte zwar den Schleier genommen und lebte als Nonne im Kloster Fontenelles, war aber bereit, als Mittlerin zwischen Bruder und Schwieger-Sohn zu wirken. Am 25.9.1340 konnte sie einen Waffenstillstand zustandebringen. Ihr anderer Schwieger-Sohn, DER BAYER, nutzte die Tatsache, dass Eduard III. diesen Vertrag ohne sein Wissen abgeschlossen hatte, und bot nun seinerseits am 24.1.1341 dem VALOIS eine Allianz an.
Am 26.9.1345 hatte Margaretes Bruder, Graf Wilhelm II., bei Staveren seine Ritterschaft in eine Schlacht gegen die Friesen geführt und war zusammen mit etwa 1.800 seiner Leute erschlagen worden. Da sein Sohn Wilhelm, das wohl einzige Kind aus der Ehe mit Johanna von Brabant, schon früh verstorben war, konnten seine vier Schwestern Ansprüche auf das Ere geltend machen:
die Kaiserin, Königin Philippa von England, die Markgräfin Johanna von Jülich und Isabella von Namur.
Offenbar haben sich die beiden jüngeren Schwestern zunächst zurückgehalten, während Philippas Gemahl schon vier Wochen nach dem Tode des Schwagers eine Vollmacht ausstellte, die Grafschaft Seeland und deren benachbarte Gebiete aus dem Erbe seiner Frau in Besitz zu nehmen. LUDWIG DER BAYER nutzte seine Stellung als oberster Lehnsherr und belehnte seine Gemahlin am 15.1.1346 zu Nürnberg als die nächste Erbin des toten Grafen mit Holland, Seeland sowie Friesland, worauf ihm Margarete Treueid und Mannschaft leistete. Zugleich versuchte DER BAYER, den Anspruch seiner Gemahlin auf die von der Lütticher Kirche lehnsrührige Grafschaft Hennegau durch die Versicherung zu stärken, dass er dieses Territorium nicht von Margaretes Reichslehen trennen werde.
Gegen Margarete als der alleinigen Herrin sprach, dass sie gemeinsam mit ihrem Mann im Kirchenbann stand, der am 13.4.1346 noch einmal in Erinnerung gerufen und dabei verschärft wurde. Aber noch ehe die Nachricht über diese neuerliche Verfluchung DES BAYERN und seiner Sippe die Niederlande erreicht haben konnte, war Margaretes Herrschaft über Hennegau, Holland Seeland und Friesland von einigen der maßgeblichen Leute dieser Länder schon anerkannt worden. Die Entscheidung für die Kaiserin und damit zugleich gegen ihre Schwestern war bereits Ende Januar gefallen.
Inzwischen war Margarete in Begleitung ihres neunjährigen Sohnes Albrecht über Brabant nach Mons gereist, wo sie am 14.3.1346 vor den Schöffen und Bürgern den Eid ablegte, die Privilegien und Freiheiten der Stadt sowie die Einheit der drei Grafschaften wahren zu wollen. Am 23.3. folgte eine ähnliche Szene in Valenciennes. Begleitet wurde die Kaiserin bei diesen nicht ungefährlichen Auftritten unter anderem von ihrem Onkel Johann von Beaumont sowie vom Schwieger-Vater ihres gefallenen Bruders, dem Herzog Johann III. von Brabant. Die neuen Landesherrin urkundete in ihren zumeist in französischer Sprache formulierten Urkunden unter dem Titel:
Kaiserin der Römer, Gräfin von Hennegau, Holland, Seeland, Herrin von Friesland. Einen Monat später begann die Herrschaftsübernahme in den beiden östlichen  Grafschaften.
Bereits am 7.9. hatte LUDWIG ihr mehrere Privilegien ausgestellt, mit denen die künftige Erbfolge geregelt wurde:
Nicht Margaretes ältester Sohn Ludwig der Römer, sondern Wilhelm, der zweitälteste, sollte die Nachfolge der Mutter antreten, für den Fall von dessen vorzeitigem Tod war Albrecht, der dritte Sohn, als Erbe vorgesehen.
Den Triumph von Crecy hätte Eduard III. leicht zu einer Okkupation des Hennegau nutzen können, aber er verfolgte weiterreichende Ziele und scheint seine Gemahlin bewogen zu haben, sich mit der Kaiserin auf die vorläufige Wahrung des Status quo zu einigen. Die beiden Schwestern trafen sich am 12.10. in dem praktisch unter englischer Herrschaft stehenden Ypern und verbrachten fast eine Woche miteinander. Eduard III. hatte für den festlichen Rahmen der Begegnung gesorgt, die mit Margaretes Versprechen endete, ihrem Gemahl die Erneuerung der 1341 zusammengebrochenen Allianz mit Eduard III. nahezulegen. Als sie im November nach Frankfurt reiste, um dort mit LUDWIG die Lage zu erörtern, sollen sich englische Gesandte in ihrem Gefolge befunden haben, die mit DEM BAYERN ein Bündnis vereinbaren sollten.
Während der LUXEMBURGER nach dem Tod LUDWIGS DES BAYERN (11.10.1347) mit großem Erfolg bemüht war, die Reichsstädte für sich zugewinnen, verspieltem die Bayern ihre Chance, die Krone für ihr Haus zu retten, als sie ihrem Onkel Eduard von England die Wahl zum römischen König in Aussicht stellten. LUDWIGS Witwe Margarete hatte dabei gewiss ihre Hand im Spiel und dürfte als Gegenleistung für ihre Unterstützung die Garantie ihrer Herrschaft über die ererbten Territorien erwartet haben.
KARL IV. bot im Verlaufe des Dezember 1347 Eduard III. eine Allianz gegen Philipp VI. an. Am 16.1. konzedierte KARL IV. dem Markgrafen Wilhelm von Jülich, dem Gemahl von Margaretes jüngerer Schwester Johanna, ein Viertel des Hennegauer Erbes. Drei Tage später bevollmächtigte er den JÜLICHER, in KARLS Namen einen Vertrag mit Eduard III. abzuschließen. Am 24.6.1348 ratifizierte KARL IV. die Allianz mit England:
Die Kaiserin und ihre Söhne hatten den Kampf gegen den LUXEMBURGER verloren. Übrigens ist keiner von Margaretes Nachkommen je zum römischen König gewählt worden.
Vermutlich im Zusammenhang mit der dann abgelehnten Wahl ihres Schwagers hatte Margarete am 5.1.1348 die Grafschaften Holland und Seeland sowie die Herrschaft Friesland Wilhelm übertragen und dese Verfügung dann noch einmal am 25.3. bestätigt. Sie selbst beabsichtigte offenbar, sich in ihre Heimat, nach Hennegau, zurückzuziehen.
Margarete reagierte auf die Allianz des Sohnes mit den Kabeljauwen, indem sie am 27.5.1350 die Herrschaft über Holland und Seeland wieder selbst in Anspruch nahm.
Margarete rief gegen den zweiten Sohn ihren Ältesten zu Hilfe, Ludwig den Römer, dem inzwischen die Mark Brandenburg anvertraut worden war. Der Konflikt um Holland und Seeland wird auch dazu beigetragen haben, dass Margarete im Verlauf des Jahres 1351 zu erkennen gab, sich der Gnade des Papstes unterwerfen zu wollen. Eine der Voraussetzungen für die Wiederaufnahme in die kirchliche Gemeinschaft war der Verzicht auf den gewiss nach wie vor prestigeträchtigen Titel einer Kaiserin der Römer, denn die Krönung vom 17.1.1328 war von der Kurie schon immer zu den schlimmsten Sünden DES BAYERN wider die Autorität des Heiligen Stuhls gerechnet worden, und an diesem Verbrechen hatte sich Margarete seinerzeit ganz unbezweifelbar beteiligt. Aber Papst Clemens verlangte von Margarete noch mehr:
Sie sollte auch explizit auf den von ihr eigentlich kaum geführten Titel einer römischen Königin verzichten und damit die Lehre der Päpste anerkennen, dass ihr Gemahl sein mit der Wahl von 1314 erworbenes Recht auf das Königtum im Verlauf des gegen ihn geführten Verfahrens eingebüßt hatte. Margarete war nie zur Königin gewählt, sie war nicht einmal zur Königin gekrönt worden. Margarete erklärte sich bereit, dieses von ihrem Gemahl stets bestrittene Recht des Papstes anzuerkennen. Am 30.7.1351 legte sie in Valenciennes die verlangte Erklärung ab, wurde daraufhin vom Bann gelöst und wieder in die Gemeinschaft der Kirche aufgenommen.
Ob Margarete bei dem Fest zugegen war, lässt sich nicht ermitteln. Sie wird gewusst haben, dass sie von nun an nicht mehr mit der Hilfe des Schwagers rechnen konnte. Am 16.3. stellte ihr Eduard den Geleitbrief für die Rückreise aus; der Kampf um die beiden Grafschaften an der See war für Margarete verloren; gleichwohl hat sie auch in den folgenden Monaten noch mehrfach versucht, die Hoeken in ihrem Widerstand gegen Wilhelm und die Kabeljauwen zu bestärken.
Am Ende konnten zwei Schiedsrichter, Margaretes Onkel Johann von Hennegau sowie ihr Vetter, der Herr von Ligny, Walram von Luxemburg, eine Einigung erzielen, die am 7.12.1354 zu Mons offenbar in Gegenwart von Mutter und Sohn sowie einer Gruppe von Klerikern und Adeligen aus Hennegau und den Seegrafschaften beurkundet wurde. Wilhelm wurde auferlegt, die Mutter demütig um Verzeihung für all das zu bitten, was er ihr angetan hatte. Im Gegenzug war Margarete verpflichtet, dem Sohn ihre Gnade zu gewähren. Margarete verzichtete auf die Herrschaft über Holland, Seeland und Friesland, und erhielt dafür die Aussicht auf Pensionszahlungen aus diesem Teil ihres Erbes, die von den Schiedsrichtern festgelegt werden sollten. Ihrem Sohn wurde die uneingeschränkte Herrschaft über seine Lande eingeräumt, wofür er sich verpflichtete, der Mutter die Grafschaft Hennegau zu überlassen. Margarete hatte offenbar darauf bestanden, dass ihre finanziellen Forderungen noch vor der Besiegelung des Schiedsvertrages beurkundet wurden:
Wilhelm musste ihr für die vorausgegangenen Jahre eine Pauschale in Höhe von 40.000 fl. konzedieren; dazu kamen dann die normale jährliche Rente in Höhe von 7.000 fl., die zu jeweils zwei Terminen in Margaretes Residenz zu Valenciennes zu zahlen war.
Der Zustand von Margaretes Gesundheit musste bereits bei Abschluss des Vertrages von Mons Anlass zur Sorge geboten haben, jedenfalls erwirkte nur wenig später, am 1.3.1355, der Abt der Augustinerklosters St. Johann zu Valenciennes in Avignon ein Privileg, das ihr die Erlaubnis erteilte, die üblichen Fastengebote nicht mehr einhalten zu müssen:
Die Ärzte, so wurde die Entscheidung begründet, hätten versichert, dass ihr Körper die Beachtung dieser Vorschriften nicht verkraften könne. Persönlich scheint sie danach noch kaum in Erscheinung getreten zu sein.
Die Ärzte haben Margaretes Gesundheit nicht mehr wiederherstellen können:
Am 23.6.1356 ist die einstige Kaiserin noch vor der Vollendung ihres 50. Lebensjahres in Quesnoy gestorben. Ihr Leichnam wurde nach Valenciennes überführt und dort in der Minoritenkirche beigesetzt, wo auch ihr Großvater Johann und ihr Vater Wilhelm ruhten.
Die politischen Motive von Margaretes Konflikt mit ihrem Sohn werden sich gewiss leicht erkennen lassen:
Allem Anschein nach war die Mehrheit der Stände in den England zugewandten Grafschaften Holland und Seeland nicht willens, die finanzielle Hauptlast der vom Hennegauer Adel dominierten und dementsprechend von Rücksichten auf Frankreich diktierten Politik Margaretes zu tragen. Das erklärt aber keineswegs, dass sich ihr Sohn so dezidiert an die Spitze der Fronde in den Seegrafschaften setzte. Die psychischen Gründe für diesen eigenartigen Mutter-Sohn-Konflikt wird man in Wilhelms Kindheitsgeschichte vermuten dürfen, die wir jedoch nicht zu erkennen vermögen. Die zwei Jahrzehnte an der Seite DES BAYERN scheinen nach allem, was die allerdings nur sehr wortkargen Quellen darüber berichten, für Margarete die glücklichste Zeit ihres Lebens gewesen zu sein. Danach erwies sie sich als eine Fürstin, die ihren männlichen Standesgenossen in nichts nachstehen wollte. Was die Herrschsucht anbelangt, fiel sie wohl nur deshalb aus dem Rahmen des Gewohnten, weil eine Frau von ihr besessen war.
Margaretes Grabmal in der Minoritenkirche von Valenciennes scheint bereits vor dem Ende des 18. Jahrhunderts beseitigt worden zu sein. Immerhin hat Simon Le Boucqu in seiner "Histoire ecclesiastique de Valenciennes" die Inschrift des Denkmals notiert:
"Hier ruht die edle Herrin Marguerite, von der Gnade Gottes Königin von Deutschland (royne d’Allemaigne), Gräfin von Hennegau, Holland, Seeland und Herrin von Friesland, die dahinging zu Quesnoy, am 23. Juni im Jahre 1356. Betet für ihre Seele."