FRIEDRICH hingegen war nicht begeistert; das Königreich Jerusalem bestand praktisch nur dem Namen nach, und der Titel war alles, was die 12-jährige Isabella als Mitgift in die Ehe zu bringen hatte. Hermann von Salza mußte seine ganze diplomatische Kunst aufbringen, um FRIEDRICH zu dieser Heirat zu bewegen.
Nach der Ferntrauung wurde Isabella, die erst mit 16 Jahren offiziell volljährig werden sollte, in Tyrus unter großem Jubel zur Königin von Jerusalem gekrönt und empfing dort die Huldigung der Barone ihres Königreiches. Geleitet von dem Erzbischof von Tyrus, ihrem Vetter Balian von Sidon und den sizilianischen Edlen, die FRIEDRICH gesandt hatte, um sie zu ihm zu führen, trat Isabella die Reise an, die für die junge Erbin eines Königreichs, das kaum mehr als ein Name war, eine glänzende Zukunft als Kaiserin zu versprechen.
Jedoch nicht nur Bischöfe und ernste Staatsmänner gaben Isabella das Geleit; unter ihren Hofdamen befand sich eine um etliche Jahre ältere Kusine. Sie war, einigen Berichten zufolge, die Tochter Walters von Brienne aus der Ehe mit Alberia, der Erbin Tankreds, des illegitimen Kron-Prätendenten der HAUTEVILLES, den die Barone zur Zeit HEINRICHS VI. gewählt hatten. So war das Mädchen zugleich eine entfernte Kusine FRIEDRICHS; aber der bloße Name HOHENSTAUFEN muß trotz aller Blutsverwandtschaft in jedem Nachkommen Tankreds die Erinnerung an die rachsüchtige Grausamkeit wachgerufen haben, mit der HEINRICH VI. die Familie behandelt hat.
Nach den Sitten der Zeit lag nichts Ungewöhnliches darin, dass ein 14-jähriges Mädchen einen Mann heiratet, der doppelt so alt war wie sie und den sie noch nie gesehen hatte; trotzdem scheint Isabella an ihre bevorstehende Hochzeit nicht mit ungetrübter Freude gedacht zu haben; auch die Gesellschaft einer Kusine, deren Familie so schwer unter den Grausamkeiten der HOHENSTAUFEN gelitten hatte, kann sie kaum zuversichtlicher gestimmt haben. Die Chronisten berichten, Isabella habe mit ihren Hofdamen während der Reise einen kurzen Besuch bei ihrer Tante, der Königin Alice von Zypern, gemacht; als sie sich trennten, hätten alle bitterlich geweint, wobei Isabella schluchzend dem süßen Leben Syriens, das sie nie wieder sehen sollte, ein trauriges Lebewohl sagte.
In Brindisi wurde die Hochzeit am 9. November in der Kathedrale mit großem Pomp vollzogen. Von diesem Augenblick an gab es Mißhelligkeiten. Nach den Berichten scheint FRIEDRICH am Tage nach der Trauung Brindisi plötzlich verlassen zu haben, ohne seinem Schwieger-Vater seine Absichten mitzuteilen. Als der entrüstete Johann von Brienne seinen neuen Schwieger-Sohn einholte, stellte er fest, dass FRIEDRICH sofort den Titel des Königs von Jerusalem angenommen hatte, den BRIENNE selbst mindestens bis zur Volljährigkeit seiner Tochter weiter zu führen hoffte, und dass die Braut in Tränen aufgelöst war, weil ihr Gemahl, von leidenschaftlicher Neigung zu ihrer Kusine erfaßt, sie kaum beachtet hatte. Manche Chronisten behaupten sogar, FRIEDRICH habe das Mädchen entführen lassen, sie vergewaltigt und sei in der Hochzeitsnacht überhaupt nicht im Brautgemach erschienen.
Diese Erzählung mag übertrieben sein, aber die Berichte von FRIEDRICHS leidenschaftlicher Liebe zu Isabellas Kusine entstammen glaubwürdigen zeitgenössischen Quellen; außerdem ist bekannt, dass ihr Bruder, Walther IV. von Brienne, während seines ganzes Lebens einen tiefen Haß gegen den Kaiser gehegt hat. Es klingt nicht unwahrscheinlich, dass ein Mann von FRIEDRICHS Charakter und Neigungen eine schöne Frau von 20 Jahren einem unerfahrenen 14-jährigen Kind vorzog. Wenn die Überlieferung richtig ist, die diese plötzliche und überwältigende Leidenschaft FRIEDRICHS mit der "Blume von Syrien" in Verbindung bringt, an die eines seiner bezauberndsten Liebesgedichte gerichtet ist, so kann man die Echtheit seiner Gefühle kaum anzweifeln.
Am 1. Mai 1228 starb Isabella, erst 16 Jahre alt und nur dem Namen nach eine Kaiserin. Zu jung, um auf ihren hochgeistigen Mann, der mehr als doppelt so alt war wie sie, Einfluß ausüben zu können, ist sie vielleicht die bemitleidenswerteste aller Gestalten gewesen, die ihn im Laufe des Lebens umgaben. Seit dem stürmischen Anfang ihrer Ehe und dem heftigen Streit zwischen ihrem Mann und ihrem Vater scheint FRIEDRICH sie nach orientalischer Sitte behandelt zu haben, wie er es auch mit ihrer Nachfolgerin wieder tat. Zunächst wurde ihr das Schloß Terracina zur Verfügung gestellt, dann nahm FRIEDRICH sie mit nach Sizilien, wo sie offenbar eine Zeitlang im königlichen Palast in Palermo lebte. Während der Monate unmittelbar vor dem mißglückten Kreuzzug des Jahres 1227 war sie bei ihm in Apulien; etwa um diese Zeit muß KONRAD gezeugt worden sein. Darauf ließ FRIEDRICH sie nach Otranto bringen, das, viel weiter südlich gelegen, Isabella Schutz vor der Seuche gewährte, die die flüchtenden Kreuzfahrer auf den Pilgerstraßen weitertrugen. Hierbei sprach FRIEDRICHS Wunsch, die Mutter seines zukünftigen Erben in Sicherheit zu wissen, vermutlich stärker mit als seine Zuneigung zu Isabella. Als FRIEDRICHS Gemahlin mangelte es ihr nicht an Luxus und Prunk; den Gedanken aber, dass sich ein junges Mädchen, an die Gesellschaft von Verwandten und Freunden und das heitere Leben Syriens gewöhnt, in der Zurückgezogenheit, die der eines Harems fast gleichkam, nicht wohlfühlen konnte, hat FRIEDRICH nie erwogen, oder ihn als belanglos beiseite geschoben.