FRIEDRICHS Verbindung mit der jungen Syrerin gab später reichlich Anlaß zu Legenden. Die wenigen überlieferten Fakten wirken eher ernüchternd. Sie zeigen, wie Isabella zum Spielball der verschiedenen politischen Interessen wurde. Ihr Vater, König Johann, versprach sich die Rückeroberung Jerusalems. Der Kaiser dachte, die Krone Jerusalems und das Erbe des syrischen Königreichs für sich selbst zu gewinnen. Papst Honorius gab bereitwillig den Ehedispens, damit der Kaiser sein Kreuzzugsversprechen bald einlöse.
Im August 1225 liefen 14 wimpelgeschmückte Galeeren in den Hafen von Akkon ein, die die kaiserliche Braut nach Apulien holen sollten. FRIEDRICH hatte unter der Führung seines Admirals Heinrich von Malta ein fürstliches Aufgebot geschickt. Nur dass der Kaiser in Apulien blieb, während in der Heiligkreuz-Kirche von Akkon die feierliche "Ferntrauung" stattfand, berichten die Chronisten mit großer Verwunderung. Ein sizilianischer Bischof steckte der Braut stellvertretend den Ring des Kaisers an den Finger. In Tyrus wurde die erst 14-jährige Isabella zur Königin Jerusalems gekrönt und empfing die Huldigung der syrischen Edlen. Als die Schiffe mit der Neuvermählten in Zypern Station machten, besuchte Isabella ihre Tante, die Königin Alice von Zypern. Beim Abschied kam es zu einer ergreifenden Szene. In ihrem hilflosen Kummer brach das Mädchen in Tränen aus.
Die einzigen, von Isabella überlieferten Worte beziehen sich auf diese Szene, als sie, noch einmal ihrer Heimat gedenkend, ausgerufen haben soll: "Ich empfehle dich Gott, mein geliebtes Syrien, das ich niemals wiedersehen werde!"
Für die junge Isabella gab es schon bald noch andere Gründe, ihr Schicksal zu beklagen. FRIEDRICH und Johann von Brienne erwarteten Isabella in Brindisi, wo im November mit gebührendem Aufwand Hochzeitsfeierlichkeiten stattfanden. Noch während der Festlichkeiten kam es zum Zerwürfnis zwischen dem Kaiser und Johann von Brienne. FRIEDRICH beanspruchte ohne Aufschub den Königstitel für sich. Von seinem Schwieger-Vater forderte er den Verzicht auf alle königlichen Rechte. Außerdem verlangte er die Herausgabe von 50.000 Silbermark, die der verstorbene König von Frankreich zur Unterstützung des heiligen Landes dem Titular-König Johann überlassen hatte.
Etwas anderes betraf Isabella persönlich. Angeblich soll FRIEDRICH seine noch kindliche und schüchterne Braut brüskiert haben, indem er nicht sie, sondern ihre etwas ältere Kusine Anais begehrte, die im Gefolge Isabellas nach Brindisi gekommen war. Die Behauptung, FRIEDRICH habe die Hochzeitsnacht nicht mit seiner Braut, sondern mit Anais verbracht, mag übertrieben sein. Doch erscheint es glaubwürdig, dass der in Liebesangelegenheiten freisinnige Mann seine Leidenschaft der reiferen und schönen Syrerin Anais zuwandte. Nach der Überlieferung schrieb FRIEDRICH der geliebten Anais, seiner "Blume Syriens", als Abschiedslied eine seiner Kanzonen.
Seiner jungen Gemahlin wies FRIEDRICH als Wohnsitz das Schloß Terracina bei Salerno zu. Dort lebte sie einsam und abgeschieden, nach sizilianisch-orientalischem Brauch von Eunuchen bewacht. Eine Herrin im goldenen Käfig, eine Kaiserin ohne Krone, eine Ehegattin ohne Gemahl. Nur zweimal öffnete sich der goldene Käfig, der gewiß außer der Freiheit der jungen Syrerin alle Annehmlichkeiten bot. Einmal besuchte sie an der Seite FRIEDRICHS die Insel Sizilien und wohnte im Königsschloß von Palermo. Im Sommer 1227, vor der ersten mißglückten Ausfahrt der kaiserlichen Kreuzflotte, war Isabella in Apulien in der Nähe FRIEDRICHS. Als in der Augusthitze in der Gegend von Brindisi die wartenden Kreuzfahrer scharenweise an der sich schnell ausbreitenden Ruhr erkrankten und flüchtenden Kreuzfahrer die Seuche ins Land schleppten, ließ FRIEDRICH seine schwangere Gemahlin nach Otranto bringen. Zweieinhalb Jahre nach der Eheschließung in Brindisi starb Isabella, 16 Jahre alt, bei der Geburt des Sohnes Konrad am 6. Mai 1228. Der Kaiser ließ ihren Leichnam in der Kathedrale des apulischen Andria beisetzen, nicht in Palermo, wo die erste kaiserliche Gemahlin Konstanze ihr Grab fand.