Die Politik der Regentin von 1056 bis 1061 war, als Ganzes gesehen, erfolgreich gewesen, eine Tatsache, die von den Zeitgenossen auch durchaus anerkannt wurde. Sie hatte sich mit den rebellierenden Sachsen arrangiert, den Frieden mit den Ungarn durch die Verlobung ihrer Tochter mit dem ungarischen Thronfolger wenigstens so lange gesichert, bis es in Ungarn zum Bürgerkrieg kam, hatte Aufstände der Liutizen und Friesen niedergeschlagen, die Herzogtümer Schwaben, Kärnten und Bayern Männern anvertraut, die sich dem Königtum sowohl durch Familienbande als auch durch gemeinsame Reforminteressen verpflichtet fühlen mußten, und hatte insgesamt eine Politik des Ausgleichs betrieben. Es ist nicht zu übersehen, dass Agnes - anders als Theophanu, die sich mit den Thronansprüchen Heinrichs des Zänkers auseinander zu setzen hatte - anfangs mit Hilfe Papst Viktors II. die Herrschaft ihres Sohnes beinahe unangefochten von 1056 bis 1065 sichern konnte. Die Entführung von Kaiserswerth hat hieran grundsätzlich nichts geändert. Konkrete Beispiele für Unzufriedenheit mit ihrer Regierung datieren erst aus den 60-er Jahren des 11. Jahrhunderts:
ihr langjähriger Streit mit Bischof Gunther von Bamberg und, wie wir sahen, die Kritik einiger Geschichtsschreiber an ihrer Bevorzugung Bischof  Heinrichs von Augsburg unter den Fürsten sowie an den mangelnden Fortschritten in der Erziehung des heranwachsenden Königs und an ihrer neuerdings gezeigten Zurückhaltung in der Regierungsführung -  Punkte, die wir als Konsequenzen aus der Schleiernahme gedeutet haben. Tatsächlich gescheitert war sie jedoch nur an einem, allerdings für sie selbst, das Reich und das Papsttum entscheidenden Punkt:
Als nach dem wohl am 20. Juli 1061 erfolgten Tod Nikolaus' II., dem eine Phase der Entfremdung zwischen dem Hof und dem Reform-Papsttum vorgegangen war, die Wahl des Bischof Cadalus von Parma zum Gegen-Papst Honorius II. am 28. Oktober in Basel ansetzt, sollte dies die folgerichtige Fortführung der Rompolitik des Kaisers dokumentieren. Bereits bei der Wahl selbst muß es Agnes angesichts der geringen Teilnehmerzahl deutlich geworden sein, daß sie im Reich nicht die nötige Unterstützung gegen den von den römischen Reformern gewählten Kandidaten erreichen würde. Natürlich hätte sie dennoch versuchen können, Cadalus politisch durchzusetzen, aber ihr muß unmittelbar nach dem Ausgang der Wahl klar gewesen sein, daß ihre Fehleinschätzung ein Schisma - das dann tatsächlich zweieinhalb Jahre dauerte - herbeigeführt hatte und daß ein Festhalten an ihrer persönlichen Entscheidung der von HEINRICH III. eingeleiteten und von ihr selbst unterstützten Reformpolitik den Todesstoß versetzen würde. So scheint sie keine andere Möglichkeit gesehen und auch tatsächlich gehabt zu haben, als sich selbst aus der Tagespolitik zurückzuziehen, um auf diese Weise anderen die Möglichkeit zu geben, eine von ihren politischen Fehleinschätzungen unbelastete Neuordnung der Papstfrage vorzunehmen. In unmittelbarem Anschluß daran erfolgte dann die im Reich offenbar wenig bekanntgewordene Schleiernahme in Speyer, und, als praktische Konsequenz daraus, die Einsetzung des Vertrauten Bischof Heinrich von Augsburg als "Subregenten". So darf man in diesem Rückzug nicht allein eine ganz persönliche Entscheidung der Kaiserin sehen, die sie als Konsequenz ihrer Fehleinschätzung in dieser gravierenden Frage traf. Es muß in Betracht gezogen werden, daß diese Entscheidung auch Ausdruck der Übernahme ihrer persönlichen Verantwortung sein und den Weg freimachen sollte für eine endgültige Regelung der Papstfrage unter Beteiligung des Hofes. Daß dies zunächst nicht geschehen ist, hat mit der mangelnden Akzeptanz des "Subregenten" Heinrich von Augsburg zu tun. Ihn möglicherweise ohne breite Zustimmung der Reichsfürsten erhoben oder ihn trotz seines für die Fürsten untragbaren Verhaltens unterstützt zu haben, dürfte als die zweite gravierende Fehleinschätzung der Kaiserin gelten, mit der sie der "Regentenwirtschaft" der folgenden Jahre Vorschub leistete. Man kann also sagen, daß es letztlich ihre Versuche waren, den bei der schismatischen Papstwahl entstandenen Schaden zu begrenzen, die das Reich in einer Krise stürzte.
Anders verhält es sich mit den persönlichen Aspekten ihres Entschlusses. Bereits im Zusammenhang mit der Schleiernahme wird auch die zweite grundsätzliche Entscheidung der Kaiserin gefallen sein, nämlich nach der Schwertleite HEINRICHS IV. ein Leben in Rom führen zu wollen - eine Entscheidung, die nur durch die Papstwahl des Jahres 1061 und die anschließende Witwenweihe erklärt werden kann. Macht man sich klar, daß diese Weihe für Agnes eine ähnlich einschneidende Bedeutung gehabt haben muß wie eine Eheschließung oder ein Klostereintritt, hält man sich ferner vor Augen, welche Veränderungen daraus für ihr persönliches Leben resultierten, dann wird deutlich, daß sie nach diesem Schritt nicht mehr die Regierung des Reiches wie vorher führen wollte und konnte. Deshalb also ernannte sie Heinrich von Augsburg zu ihrem Stellvertreter und zum Erzieher ihres Sohnes, ein Zustand, den eine Anzahl von Reichsfürsten nicht hinnehmen wollte. Durch die Entführung HEINRICHS IV. setzte sich Anno von Köln an des Augsburgers Stelle - ein Anschlag, der Agnes' Position jedoch nicht berührte; sie blieb nach der Schleiernahme ebenso wie nach Kaiserswerth die unangefochtene Regentin, die dem gleichfalls unangefochtenen Thronfolger HEINRICH IV.  bis 1065 die Herrschaft sicherte:
Sie selbst sah ihre Aufgabe auch während der Amtsführung Heinrichs von Augsburg, Annos von Köln und Adalberts von Hamburg-Bremen nur mehr darin, Restitutionen von HEINRICH III. entfremdeter Güter und, im Sinne endgültiger Regelungen der durch ihre Dotationn verursachten Probleme, eigene Schenkungen an bestimmte geistliche Gemeinschaften sowie die Versorgung ihrer Vertrauten mit Bischofsämtern zu veranlassen.
Agnes verließ Deutschland im Mai 1065 und ging nach Rom. Dieser Schritt ist wiederum nicht mit der Entführung von Kaiserswerth, sondern mit der Schleiernahme als Reaktion auf den Konflikt zu erklären, durch den sie durch die schismatische Papstwahl vom 28. Oktober 1061 geraten war. Nachdem sie ihren Pflichten als Regentin noch bis zur Schwertleite und Mündigkeitserklärung ihres Sohnes nachgekommen war und seine Nachfolge gesichert hatte, setzte sie ihren Entschluß in die Tat um, der päpstlichen Partei zu dienen, der sie durch diese Papstwahl geschadet hatte; sie fällte also eine bewußte Entscheidung zugunsten des Reform-Papsttums.