In anderer Weise meinte König Philipp sich Flanderns zu versichern. Um Johanna, die ältere Tochter des als Kaiser von Byzanz verschollenen Grafen Balduin, warb nämlich damals Ferrand von Portugal, der Sohn des Königs Sancho, und seine Tante Mathilde, die Witwe des auf dem 3. Kreuzzug gestorbenen Grafen Philipp von Flandern, brachte es in der Tat dahin, dass der französische König, welcher als Oheim und Lehnsvormund nicht zu umgehen war und obendrein seit 1206 Johanna und ihre Schwester Margarethe in seine Obhut genommen hatte, dem Infanten die Hand der flandrischen Erbin gewährte. Ferrand hat dann am 22. Januar 1212 zu Paris dem König den Lehnseid für Flandern geleistet. Er mochte denken, damit allen Anforderungen, welche von Frankreich an ihn gestellt werden konnten, gerecht worden zu sein, und er war mit seiner Gattin auf dem Heimweg schon bis Peronne gekommen, als der französische Thronfolger Ludwig, dessen Mutter eine Schwester des Grafen Balduin gewesen war, einen Teil des flandrischen Hinterlassenschaft für sich verlangte. Auf Ferrands Weigerung, diese Ansprüche zu befriedigen, folgte seine und seiner Gattin Gefangennahme und es blieb ihm am Ende nichts übrig, als mit der Abtretung von St. Omer und Aire Ludwigs Verzichtleistung auf das Übrige zu erkaufen. Dann erst wurde ihm gestattet, von Flandern Besitz zu ergreifen und den Widerstand Gents zu brechen, welches ihn nicht als Herrn aufnehmen wollte.
Die Verbündeten erlitten bei Bouvines eine vollkommene Niederlage. Flandern wurde gleich nach der Schlacht von den Franzosen überschwemmt und tatsächlich dann im Besitz behalten, als die Gräfin Johanna am 24. Oktober mit dem König Philipp sich vertrug, unter den demütigsten Bedingungen und so, dass das Schicksal des gefangenen Ferrand ganz der Willkür des Siegers anheim gestellt blieb.
Burkhard von Avesnes, Domkantor von Laon und Subdiakon, verließ 1211 den geistlichen Stand, befehdete seinen Bruder und wurde vom Grafen Ferrand von Flandern mit der Statthalterschaft über Hennegau, von der Gemahlin desselben, der Gräfin Johanna, nachher mit der Hut ihrer jungen Schwester Margarethe betraut, die er dann aber entführte und als seine Gemahlin ausgab, um durch sie dereinst Anrechte auf Flandern geltend machen zu können. Er wurde auf dem römischen Konzil gebannt und das über seinen jeweiligen Aufenthaltsorten verhängte Interdikt sollte die Auslieferung Margarethes und Burkhards Rückkehr in den geistlichen Stand erzwingen: Letzterer fand trotzdem in den Diözesen Laon, Cambrai und Lüttich immer wieder freundliche Aufnahme und nicht bloß bei Weltlichen. Margarethe sagte sich zwar später von ihm los, nachdem sie ihm zwei Söhne geboren hatten; aber am Ende hat die Gräfin Johanna diesen sehr unwillkommenen Neffen doch einen Erbanteil auswerfen müssen.
Viel härter war das Schicksal der gefangenen Vasallen Frankreichs, Ferrand von Flandern und Reginalds von Boulogne. König Philipp hatte den ersteren mit Ketten beladen bei seinem Triumpheinzug in Paris aufgeführt, während seine Truppen sich an die Eroberung Flanderns machten. Courtrai, Lille und so weiter wurden genommen, aber Valenciennes, Ypern, Cassel und Oudenarde scheinen sich noch gehalten zu haben, so dass der König mit der Gräfin Johanna von Flandern in Verhandlungen trat. In dem von ihr am 24. Oktober 1214 zu Paris beurkundeten Vertrage versprach sie, die Festungswerke seiner Städte schleifen zu lassen und die zu Frankreich haltenden Burggrafen von Brügge und Gent wieder einzusetzen; wenn das geschehen sei, wollte der König Verhandlungen über den Loskauf des Grafen zulassen. Der Vertrag wurde aber nicht ausgeführt, weil die Einwohner von Valenciennes die Zerstörung ihrer Befestigung verweigerten und Ferrand musste nun noch viele Jahre gefangen bleiben. Im Jahre 1221 bot Johanna für die Freilassung ihres Gemahls 35.610 Pfund und sammelte dafür bei der Geistlichkeit ihres Landes.